PRJNA1329319：黑腿蜱中伯氏疏螺旋体检测的Nanopore自适应采样
该数据集来自NCBI，包含明尼苏达州自然采集的黑腿蜱（Ixodes scapularis）经Nanopore自适应采样测序获得的原始数据
基本信息
资源简介
PRJNA1329319：黑腿蜱中伯氏疏螺旋体检测的Nanopore自适应采样
PRJNA1329319 是一个面向蜱传病原体检测的原始测序数据资源，来源于 NCBI。该数据集围绕黑腿蜱（Ixodes scapularis）中伯氏疏螺旋体（Borrelia burgdorferi）的检测需求，采用 Nanopore 自适应采样（adaptive sampling）策略开展测序，富集黑腿蜱中存在的各类细菌病原体。数据覆盖明尼苏达州自然采集的成年蜱样本，最终对 168 只蜱完成了七个实验批次的 Nanopore 测序，并以压缩打包形式提供每只蜱的原始 zipped FASTQ 文件。该资源属于感染性疾病领域的原始序列读取数据，适合用于病原体检测方法评估、蜱媒微生物组研究及相关测序流程的参考。
【数据集背景】
黑腿蜱是莱姆病等重要蜱传疾病的主要媒介，对其携带病原体进行灵敏检测具有公共卫生意义。本数据集所依托的工作在明尼苏达州全境自然采集黑腿蜱，并先通过 PCR 判定感染状态，再据此随机选取蜱样本进入 Nanopore 测序环节。测序采用 Nanopore 自适应采样技术，目标是在测序过程中富集黑腿蜱中存在的所有细菌病原体，从而提升病原体序列在数据中的占比。该策略区别于常规宏基因组测序，体现了靶向富集与实时选择相结合的技术路线。
【数据内容】
数据集的核心内容是七个测序实验所产生的原始 zipped FASTQ 文件，每只蜱对应各自的原始序列文件，全部文件压缩为一个 tarball 文件提供。主题标签为 Raw sequence reads，表明数据为未经组装的原始读长序列。数据不包含组装基因组、注释结果或分析报告，使用者获得的是测序仪直接产出的原始读取数据，需自行完成后续质控、比对、分类或病原体鉴定等分析步骤。
【采集与来源】
样本为在明尼苏达州全境自然采集的黑腿蜱成虫，共采集 872 只成年蜱并接受 PCR 检测。依据感染状态随机挑选蜱进入测序，使测序样本中感染流行率保持在 70%。最终共有 168 只蜱进入 Nanopore 测序，分布于七个实验之中，每个实验对 24 只蜱进行条形码标记并混合建库。数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。
【适用场景】
该数据集适用于蜱媒细菌病原体检测相关的测序数据分析，包括评估 Nanopore 自适应采样对病原体序列的富集效果、比较不同感染状态下蜱样本的序列组成、开发针对黑腿蜱微生物组的分类鉴定流程，以及作为蜱传病原体监测研究的原始数据参考。由于数据保留了每只蜱的独立原始读取，也适合按样本层面开展方法学验证。
【使用方法】
使用者需先下载并解压 tarball 文件，获得各蜱对应的 zipped FASTQ 文件，随后按条形码与实验批次信息拆分和整理样本，再进行碱基质量评估、接头与低质量序列过滤、比对或分类等常规下游分析。由于数据为原始读长，具体分析流程与参数需由使用者根据研究目的自行确定。
【质量与限制】
源站未提供关于测序深度、读长分布、碱基质量评分及污染水平的具体质量指标。该数据集仅包含原始 FASTQ 序列，不含组装、注释或病原体鉴定结论；样本来自明尼苏达州自然采集的黑腿蜱，测序样本经过按感染状态的随机选择且感染流行率控制在 70%，使用时应考虑这一抽样设计对结果解释的影响。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可条款信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1329319
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
黑腿蜱（肩突硬蜱）在明尼苏达州各地自然采集。共采集872只成年蜱并进行PCR检测。根据感染状态随机选择蜱进行纳米孔测序，在测序蜱中保持70%的感染率。最终在七次实验中对168只蜱进行了纳米孔测序，每次实验中将24只蜱进行条形码标记并混合。纳米孔测序实验采用纳米孔自适应采样技术，富集黑腿蜱中所有细菌病原体。该数据集包含七次测序实验中每只蜱的原始压缩FASTQ文件，已压缩为tar文件。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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