基本信息

模态

基因组

创建/更新时间

2026-10-22

资源简介

rGhV感染CHO细胞的直接RNA测序数据集

PRJNA1307648 数据集收录的是重组Ghana病毒（rGhV）感染中国仓鼠卵巢（CHO）细胞后经直接RNA测序获得的原始序列数据。实验采用稳定表达Ghana病毒受体Ephrin B2（EFNB2）的CHO细胞系，在感染后72小时收获总RNA，并利用Oxford Nanopore MinION平台进行直接RNA测序。该数据集的核心目标在于表征rGhV的转录梯度，并对P基因内部的RNA编辑进行定量分析。作为感染性疾病研究领域的原始序列数据资源，它为研究者提供了在天然RNA分子层面观察病毒转录本结构与编辑事件的原始材料，来源站点为ncbi.nlm.nih.gov。

【数据集背景】

Ghana病毒属于感染性疾病研究关注的对象，其感染宿主细胞后的转录调控与RNA编辑机制是理解病毒复制与基因表达的重要环节。本数据集以稳定表达Ghana病毒受体EFNB2的CHO细胞为感染模型，用重组Ghana病毒（rGhV）进行感染，从而在可控的细胞体系中重现病毒进入与复制过程。选择感染后72小时这一时间点收获总RNA，为观察病毒转录本积累与编辑状态提供了实验窗口。数据集的设计意图明确指向两个分析目标：一是刻画rGhV的转录梯度，二是量化P基因内的RNA编辑水平。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，即原始序列读段。数据来源于直接RNA测序，而非经过逆转录扩增的cDNA测序，因此保留的是RNA分子本身的序列信息。数据覆盖的生物学材料为rGhV感染后的CHO细胞总RNA，测序对象包含病毒转录本及宿主细胞RNA成分。数据可用于下游的转录梯度分析与P基因内RNA编辑的定量评估。除上述内容外，源站未提供关于读段数量、数据体积、样本重复数等具体统计信息。

【采集与来源】

样本采集流程为：CHO细胞稳定表达Ghana病毒受体Ephrin B2（EFNB2），随后以重组Ghana病毒（rGhV）感染，感染后72小时收获总RNA。测序平台为Oxford Nanopore MinION，测序方式为直接RNA测序。数据来源站点为ncbi.nlm.nih.gov，数据集英文名称为“PRJNA1307648: Direct RNA Sequencing of rGhV-infected CHO cells”。本站将其归类为感染性疾病／其他。

【适用场景】

该数据集适用于病毒转录组研究，尤其是需要保留RNA分子原生信息、不依赖逆转录扩增的场景。具体而言，可用于表征rGhV在感染细胞中的转录梯度，即不同病毒转录本在丰度或完整性上的分布特征；也可用于量化P基因区域内的RNA编辑事件，考察编辑位点与编辑比例。此外，作为感染性疾病相关的原始序列数据，它可作为方法学比较、分析流程验证或病毒-宿主相互作用研究的输入材料。源站未提供其他适用场景的说明。

【使用方法】

使用该数据集时，可基于原始序列读段开展转录本比对、转录梯度分析与RNA编辑检测等分析流程。由于数据为直接RNA测序的原始读段，分析前通常需要进行读段质控与参考序列比对。源站未提供具体的分析流程、参数设置或推荐工具，使用时应结合研究目的自行设计分析方案。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量评分、读段长度分布、错误率或覆盖度等质量指标。该数据集为单一细胞模型、单一感染时间点（感染后72小时）的测序数据，源站未说明是否存在生物学重复或时间序列采样。使用者在解释转录梯度与RNA编辑结果时，需注意这些实验设计层面的信息缺失。源站未提供其他限制说明。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可条款信息。使用或再分发数据前，应访问ncbi.nlm.nih.gov上的对应条目以获取最新的引用与使用政策。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1307648

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1307648

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

稳定表达加纳病毒受体Ephrin B2（EFNB2）的中国仓鼠卵巢（CHO）细胞被重组加纳病毒（rGhV）感染。感染后72小时收获总RNA，并使用Oxford Nanopore MinION平台进行直接RNA测序。该数据集旨在表征rGhV的转录梯度，并量化P基因内的RNA编辑。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别