基本信息

模态

基因组

任务类型

预测

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

血流感染患者血液样本宏基因组测序用于抗菌药物耐药性预测

PRJNA1290626 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的生物学项目，全称为“Metagenomic sequencing of blood samples from patients with bloodstream infections for antimicrobial resistance prediction”，即面向抗菌药物耐药性预测的血流感染患者血液样本宏基因组测序项目。该项目归属于感染性疾病 / 其他这一分类，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，主题标签为 Raw sequence reads。从项目名称可以看出，其研究对象是血流感染患者的血液样本，所采用的技术路线为宏基因组测序，研究目标指向抗菌药物耐药性预测。BioProject 作为生物数据的集合记录，通常围绕某一项单一研究计划而建立，来源于某个组织或联合体，并为用户提供统一入口，以便查找该项目所产生的多种类型数据。该项目正是以这一形式，将血流感染相关的宏基因组原始测序读长数据组织在一起，供后续检索与使用。

【数据集背景】

血流感染是临床感染性疾病中的重要类型，其病原体种类复杂，可能涉及多种细菌或其他微生物。在临床诊疗中，抗菌药物耐药性问题直接影响治疗方案的选择与患者预后。传统的病原鉴定与耐药检测通常依赖培养和表型药敏试验，而基于宏基因组测序的方法则可以直接对临床样本中的核酸进行测序，从序列信息中推断病原构成与耐药相关特征。该项目正是在这一背景下建立，旨在通过对血流感染患者血液样本进行宏基因组测序，为抗菌药物耐药性预测提供数据基础。项目以 BioProject 的形式组织，体现了围绕单一研究计划汇集多类型生物数据的通用做法。

【数据内容】

该项目的主题标签为 Raw sequence reads，说明其收录的核心数据为原始测序读长。这些读长来自对血流感染患者血液样本开展的宏基因组测序。宏基因组测序通常不针对单一目标微生物，而是对样本中存在的全部遗传物质进行测序，因此所产生的原始读长理论上涵盖样本内各类微生物的序列信息，同时也可能包含宿主来源的序列。此类原始读长数据是后续进行序列质控、比对、物种注释以及耐药基因或耐药突变分析的基础材料。除原始测序读长这一主题标签外，源站未提供关于样本数量、测序平台、读长长度、数据总量等更具体的描述。

【采集与来源】

该项目的样本来源为血流感染患者的血液样本。项目名称明确指向“patients with bloodstream infections”，即已发生血流感染的患者人群。数据来源于 NCBI BioProject 数据库，记录标识为 PRJNA1290626，源站标题为“ID 1290626 - BioProject - NCBI”。BioProject 记录本身提供指向该项目所产生各类数据的链接入口，便于用户从统一位置获取相关信息。关于样本采集的具体时间、地点、机构、纳入排除标准、伦理审批信息以及患者人口学特征等，源站未提供。

【适用场景】

基于该项目的数据内容与主题标签，其适用场景主要围绕血流感染与抗菌药物耐药性预测展开。研究人员可利用这些原始测序读长，开展血流感染样本中微生物群落的组成分析，探索病原体鉴定方法，或进一步构建和评估基于宏基因组序列的抗菌药物耐药性预测模型。此外，该类数据也可用于宏基因组分析流程的建立与验证、耐药基因数据库的比对测试，以及与其他血流感染宏基因组数据集的比较研究。由于数据以原始读长形式提供，使用者可以根据自身研究目的选择不同的分析策略与参考数据库。关于该项目数据是否已被用于特定研究或是否与某篇具体论文关联，源站未提供。

【使用方法】

使用该项目数据时，通常需要先从 NCBI BioProject 记录出发，通过其提供的链接定位到实际存放原始测序读长的相关数据库，再行下载。获得原始读长后，常规分析流程一般包括测序质量评估与过滤、去除宿主序列、微生物序列比对与物种注释，以及针对耐药基因或耐药相关突变的检索与统计。由于主题标签为 Raw sequence reads，使用者应预期数据处于未经过高级加工的状态，需要自行完成后续生物信息学处理。关于该项目是否附带标准分析流程、预处理数据或结果文件，源站未提供。

【质量与限制】

该项目以 BioProject 形式组织，BioProject 记录的作用是汇集与某一研究计划相关的数据链接，而非直接提供完整的分析结论。其主题标签为 Raw sequence reads，意味着数据主要为原始读长，可能包含测序错误、宿主序列污染以及低丰度微生物序列等常见问题，使用前通常需要经过质控与过滤。此外，源站未提供关于测序深度、覆盖度、样本量、平台型号及数据质量评估指标等具体信息，因此无法对该数据集的技术质量作出进一步判断。宏基因组测序用于抗菌药物耐药性预测本身也存在方法学上的复杂性，例如耐药基因的存在并不必然等同于表型耐药，相关解释需谨慎。上述具体限制因素，源站未提供。

【引用与许可】

该项目的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，记录标识为 PRJNA1290626，源站标题为“ID 1290626 - BioProject - NCBI”。在使用该项目数据时，应遵循 NCBI 及相关数据库的引用规范与使用条款，并在研究成果中标注项目编号与来源。关于该项目数据的具体许可协议、使用限制、是否允许商业用途以及推荐的引用格式，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1290626

访问原始数据

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1290626

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目包含来自40名确诊血流感染患者全血样本的宏基因组测序数据。该研究旨在评估机器学习模型直接从基因组内容预测抗菌药物耐药性（AMR）的性能，无需进行培养。在去除宿主DNA后提取DNA，并在MGI G99平台上进行测序。所得数据用于重建微生物基因组、鉴定优势病原体并生成计算机模拟药敏试验结果。该数据集为研究病原体组成、AMR的基因组决定因素以及基于临床宏基因组的快速诊断方法的开发提供了资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别