基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-21

资源简介

PRJNA1283909：微小扇头蜱BME/CTVM6细胞系感染SFTSV的小RNA测序原始序列

该数据集收录了微小扇头蜱（Rhipicephalus microplus）BME/CTVM6（CVCL_Z150）细胞系在感染严重发热伴血小板减少综合征病毒（SFTSV）后的原始序列读长。项目聚焦于蜱源细胞对SFTSV感染的RNA干扰（RNAi）应答，通过小RNA测序来鉴定病毒来源的小RNA（vsRNAs），并刻画感染过程中宿主RNAi通路的活性特征。数据集所属分类为感染性疾病/其他，主题标签为原始序列读长，来源站点为ncbi.nlm.nih.gov。整体而言，该数据集为理解硬蜱抗病毒防御机制以及小RNA通路对病毒RNA的加工过程提供了直接的序列数据基础。

【数据集背景】

该数据集对应的研究项目关注蜱类在病毒感染过程中的先天免疫应答。微小扇头蜱是一种重要的蜱种，其BME/CTVM6（CVCL_Z150）细胞系被用于体外模拟病毒感染。严重发热伴血小板减少综合征病毒（SFTSV）是一种能够感染蜱的病毒，研究其与蜱细胞之间的相互作用，有助于揭示蜱作为病毒传播媒介的分子基础。项目特别针对RNA干扰（RNAi）这一在无脊椎动物中广泛存在的抗病毒防御机制，试图通过小RNA测序来观察感染后宿主RNAi通路的响应情况。该数据集正是在这一研究框架下产生的原始测序数据。

【数据内容】

数据集的内容为原始序列读长（Raw sequence reads），来源于小RNA测序。这些读长用于鉴定病毒来源的小RNA（vsRNAs），并分析宿主RNAi通路在感染期间的活性。数据本身不包含经过组装的基因组或注释信息，而是测序仪直接输出的原始读长。主题标签明确为“Raw sequence reads”，表明其属于未经深度加工的一手测序数据。通过分析这些读长，可以进一步探索病毒RNA如何被小RNA通路识别和加工，以及宿主细胞如何通过RNAi机制应对SFTSV感染。

【采集与来源】

该数据集的来源站点为ncbi.nlm.nih.gov。样本材料为微小扇头蜱BME/CTVM6（CVCL_Z150）细胞系，该细胞系在感染SFTSV后进行小RNA测序。项目名称中包含“PRJNA1283909”以及“strain:BME/CTVM6 (CVCL_Z150) | cultivar:BME/CTVM6 (CVCL_Z150)”，表明所采用的细胞系身份。关于具体的测序平台、测序深度、样本采集时间点、感染复数等实验细节，源站未提供。数据由NCBI站点收录并公开，用户可通过该站点获取原始读长文件。

【适用场景】

该数据集适用于研究蜱类抗病毒免疫机制，尤其是RNAi通路在SFTSV感染中的作用。具体而言，可用于鉴定病毒来源的小RNA，分析小RNA的长度分布、链偏好性及基因组来源，进而推断宿主RNAi通路的加工特征。此外，也可用于比较感染与未感染状态下小RNA谱的差异，或作为蜱-病毒相互作用研究的参考数据。对于从事蜱传病毒、病毒小RNA、无脊椎动物免疫等方向的研究人员，该数据集具有直接利用价值。同时，由于其为原始读长，也可用于方法学开发或流程测试。

【使用方法】

使用者可以从ncbi.nlm.nih.gov获取原始序列读长文件。典型分析流程包括：对原始读长进行质量控制和接头去除，随后比对到微小扇头蜱参考基因组或SFTSV病毒基因组，以鉴定病毒来源的小RNA。进一步可分析小RNA的长度分布、5'端核苷酸偏好性、链特异性等特征，从而评估宿主RNAi通路的活性。若需研究宿主基因表达变化，也可将读长比对到宿主转录组。由于数据为原始读长，用户需自行完成预处理和下游分析。源站未提供配套的分析脚本或处理流程。

【质量与限制】

该数据集为原始序列读长，其质量取决于测序过程本身，但源站未提供具体的质量评分、读长长度、测序深度等指标。数据仅覆盖小RNA测序，不包含基因组、转录组或其他类型的数据。由于仅针对BME/CTVM6细胞系感染SFTSV的模型，结论不能直接推广到其他蜱种、其他细胞系或体内感染场景。此外，源站未提供生物学重复数量、感染时间点等信息，可能限制统计推断的稳健性。使用时应结合具体实验设计加以判断。

【引用与许可】

该数据集的来源站点为ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为PRJNA1283909。关于具体的引用方式、许可协议或使用条款，源站未提供。建议用户直接访问NCBI页面获取最新的引用信息和数据使用政策。在发表基于该数据集的研究成果时，应遵循NCBI及原项目方的要求进行适当引用。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1283909

访问原始数据

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

免费样本无法满足模型训练要求？千方提供经三甲医院脱敏、带病理回证与专家标注的商业级专病数据集。

去商城查看获取定制方案

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1283909

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目研究了来源于蜱的微小扇头蜱BME/CTVM6（CVCL_Z150）细胞系对发热伴血小板减少综合征病毒（SFTSV）感染的RNA干扰（RNAi）反应。通过小RNA测序，鉴定了病毒来源的小RNA（vsRNAs），并表征了感染过程中宿主RNAi通路的活性。该数据集为深入了解硬蜱的抗病毒防御机制以及小RNA通路对病毒RNA的加工提供了见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别