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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1248688：尼日利亚Gombe州2024年疫情发热样本中新Pegivirus C序列鉴定

该数据集为 NCBI BioProject 数据库中的一项生物项目记录，编号 1248688，英文名称为“PRJNA1248688: Identification of Novel Pegivirus C Sequences in Febrile Samples from a 2024 Outbreak in Gombe State, Nigeria”。从名称可以看出，该项目聚焦于尼日利亚 Gombe 州 2024 年一次疫情暴发期间，在发热样本中鉴定新型 Pegivirus C 序列。项目归类于感染性疾病 / 其他方向，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，主题标签为“Raw sequence reads”。BioProject 作为生物数据的集合记录，旨在将同一项研究计划所产生的多种数据类型汇聚于一处，便于用户集中查找和访问。该数据集为研究者了解此次疫情相关病毒序列信息提供了入口。

【数据集背景】

该数据集对应的是一项由单一机构或联合体发起的生物研究计划，其核心科学问题围绕 2024 年尼日利亚 Gombe 州疫情暴发期间发热样本中新型 Pegivirus C 序列的鉴定展开。Pegivirus C 属于黄病毒科相关病毒，其新型序列的发现通常与发热病例的病原学调查相关。该 BioProject 记录为这一研究计划提供了统一的入口，使用户能够定位到该项目所产生的各类生物学数据。源站描述指出，BioProject 记录的作用在于为用户提供一个单一位置，以查找为该项目生成的多种数据类型。该数据集被本站归入感染性疾病 / 其他分类，主题标签为原始序列读长（Raw sequence reads），表明其数据主体为测序产生的原始读长数据。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，说明其数据内容以原始测序读长为主。这些读长数据来源于对发热样本中 Pegivirus C 序列的鉴定工作，属于病毒基因组序列数据的一种形式。BioProject 记录本身并不直接包含所有数据文件，而是提供指向该项目所生成的不同数据类型的链接。因此，该数据集的内容范围涵盖与“尼日利亚 Gombe 州 2024 年疫情暴发期间发热样本中新 Pegivirus C 序列鉴定”这一研究计划相关的原始序列读长数据。关于具体的样本数量、测序平台、读长长度、数据量大小等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI 的 BioProject 数据库。项目编号为 1248688，英文名称明确指向 2024 年尼日利亚 Gombe 州的一次疫情暴发。采集地点为尼日利亚 Gombe 州，采集对象为疫情暴发期间的发热样本。样本类型为发热病例样本，用于鉴定新型 Pegivirus C 序列。该 BioProject 记录由单一组织或联合体发起，但具体发起机构名称、样本采集时间、采集流程、伦理审批信息等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于病毒学、感染性疾病病原学调查、新发病毒序列鉴定等研究方向。具体而言，研究者可利用该数据集中的原始序列读长，开展 Pegivirus C 的基因组组装、序列比对、系统发育分析以及病毒变异监测等工作。此外，该数据集也可用于疫情暴发期间的病原体溯源和分子流行病学研究。由于主题标签为原始序列读长，该数据适合需要从原始测序数据开始进行自主分析的用户。对于关注尼日利亚地区新发传染病病原体的研究人员，该数据集提供了直接相关的序列数据入口。关于该数据集是否适用于临床诊断或其他特定应用，源站未提供明确说明。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该数据集，项目编号为 1248688。BioProject 记录提供指向该项目所生成的不同数据类型的链接，用户可据此定位到原始序列读长数据。具体的数据下载方式、文件格式、分析工具建议等，源站未提供。用户可能需要结合 NCBI 的其他相关数据库或工具进行数据检索和获取。由于该数据集的主题标签为原始序列读长，使用时应按照原始测序数据的常规处理流程进行质量控制、拼接和注释。关于是否提供预处理数据或分析结果，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 记录，其本身不直接包含数据质量评估信息。原始序列读长的质量取决于测序过程本身，但具体的测序质量指标、覆盖度、读长准确性等，源站未提供。该数据集的限制包括：仅涵盖与特定研究计划相关的数据，可能不包含完整的疫情流行病学信息；样本仅来自 2024 年尼日利亚 Gombe 州的发热病例，代表性有限；关于 Pegivirus C 序列的具体鉴定方法和验证结果，源站未提供。此外，该 BioProject 记录可能仅包含原始序列读长，不包含完整的基因组注释或临床元数据。用户在使用时应关注数据版本和更新情况。

【引用与许可】

该数据集的引用方式应遵循 NCBI BioProject 数据库的通用引用规范，具体引用格式可能需参考项目页面提供的说明。关于该数据集的许可协议、使用限制、是否允许商业用途、是否需要署名等，源站未提供。用户在使用该数据集时，应自行查阅 NCBI 的相关政策以及项目页面上的具体声明。由于源站未提供明确的许可信息，建议用户在使用前确认数据共享和使用条款。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1248688

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数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1248688

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

2024年中期，尼日利亚贡贝州爆发了一种发热性疾病，患者表现出高热、剧烈头痛、黄疸和腹痛。常见病原体的标准诊断测试结果均为阴性。为了探究潜在的病毒病因，我们对22份临床样本进行了宏基因组下一代测序。分析揭示了与Pegivirus C (HPgV)密切相关的序列，与已知的西非毒株共享约93%的相似性。本数据集包含了此次调查的原始测序读数，有助于增进对pegivirus多样性及其在人类疾病中潜在作用的理解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别