PRJNA1002412:共生细菌通过TLR5和AhR信号改善屏障完整性并预防食物过敏反应

该数据集来自 ncbi.nlm.nih.gov,包含 Kemter 等 2023 年研究相关的全基因组测序(WGS)与鸟枪法测序数据及其对应的组装结果(如有)

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时间序列Raw sequence reads
PRJNA1002412: Commensal bacteria signal through TLR5 and AhR to improve barrier integrity and prevent allergic responses to food

基本信息

模态
时间序列
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1002412:共生细菌通过TLR5和AhR信号改善屏障完整性并预防食物过敏反应

PRJNA1002412 是一个以“共生细菌通过 TLR5 和 AhR 信号改善屏障完整性并预防食物过敏反应”为主题的数据集,来源于 ncbi.nlm.nih.gov。该数据集收录了 Kemter 等人 2023 年研究相关的全基因组测序(WGS)与鸟枪法测序数据,以及这些数据对应的组装结果(如有)。从数据性质看,其内容属于原始测序读长(Raw sequence reads),在本站被归类于感染性疾病 / 其他类别。该数据集将测序原始数据与可能的组装成果一并提供,便于研究者围绕共生细菌与宿主免疫屏障之间的相互关系开展后续分析,也为微生物基因组相关研究提供了可复用的数据基础。

【数据集背景】

该数据集对应 Kemter 等人于 2023 年发表的研究工作,研究主题聚焦于共生细菌如何通过 TLR5 与 AhR 两条信号通路改善屏障完整性,并进而预防对食物的过敏反应。数据集名称本身即概括了这一研究核心。从学科归属看,本站将其划入感染性疾病 / 其他分类,主题标签为原始测序读长。源站描述说明该数据集是为上述研究配套发布的测序与组装资源,发布时间标注为 2023 年 8 月 23 日。

【数据内容】

数据集包含两类测序数据:全基因组测序(WGS)数据与鸟枪法测序(Shotgun sequencing)数据,同时包含与这些数据相对应的组装结果(如果存在)。数据以原始测序读长的形式提供,主题标签为 Raw sequence reads。除上述内容外,源站未提供关于样本数量、测序平台、读长长度、组装质量指标等更细粒度的信息。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,即美国国家生物技术信息中心(NCBI)站点。源站描述表明其内容与 Kemter 等 2023 年的研究直接相关。关于样本采集地点、采集时间、宿主或环境来源、伦理审批等具体采集信息,源站未提供。

【适用场景】

基于其内容构成,该数据集可用于涉及细菌全基因组与鸟枪法测序数据的分析工作,例如微生物基因组组装与注释、比较基因组分析,以及围绕共生细菌与宿主屏障完整性、食物过敏预防机制相关研究的数据复用。由于数据以原始读长形式提供,也适合需要从原始数据出发进行重新处理或方法学验证的场景。关于该数据集在其他具体应用方向上的适用性,源站未提供进一步说明。

【使用方法】

使用者可依据 NCBI 站点上该数据集(PRJNA1002412)的公开入口获取原始测序读长及对应的组装结果(如有)。具体的数据下载方式、文件组织格式、处理流程与参数设置,源站未提供详细说明。

【质量与限制】

源站描述仅说明数据集包含 WGS 与鸟枪法测序数据及其对应组装结果(如有),未提供测序深度、数据量、组装完整性、污染评估等质量指标。因此,关于数据质量的系统性评价信息,源站未提供。使用者在复用时应自行评估数据是否满足其分析需求。

【引用与许可】

该数据集关联 Kemter 等人 2023 年的研究工作,使用时应引用相应研究成果。关于该数据集的具体许可条款与使用限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1002412

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含Kemter等人2023年研究中的全基因组测序(WGS)和鸟枪法测序数据及其相应的组装结果(如有)。(2023-08-23)

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