越南儿童细菌性与推定病毒性脑膜炎十三种临床规则的性能
该数据集为一张XLSX表格，配套论文探讨越南儿童细菌性与推定病毒性脑膜炎的十三种临床规则鉴别性能。源站描述则综述了截至2021年12月发表的51项研究，这些研究将mNGS直接应用于脑脊液，覆盖1,248名受检患者，其中617名同时接受常规诊断与mNGS双重检测，共检出116种微生物
基本信息
资源简介
越南儿童细菌性与推定病毒性脑膜炎十三种临床规则的性能
Table_1_Direct Metagenomic Diagnosis of Community-Acquired Meningitis: State of the Art.XLSX
该数据集为一张XLSX表格，配套论文探讨越南儿童细菌性与推定病毒性脑膜炎的十三种临床规则鉴别性能。源站描述则综述了截至2021年12月发表的51项研究，这些研究将mNGS直接应用于脑脊液，覆盖1,248名受检患者，其中617名同时接受常规诊断与mNGS双重检测，共检出116种微生物。数据可用于比较临床规则与分子诊断方法在脑膜炎病原鉴别中的表现（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。
【数据集背景】
配套论文《Community‐acquired acute meningitis and encephalitis: a narrative review》发表于 Medical Journal of Australia（2018），DOI：10.5694/mja17.01073。源站首次发布：2022-07-05。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：当前社区获得性脑膜炎（CAM）的常规诊断采用多重实时聚合酶链反应（RT-PCR），但可检测的病原体数量有限且无法全面表征，需要额外的体外研究来揭示基因型和抗菌药物敏感性。我们回顾了截至2021年12月发表的51项研究，这些研究报道了直接应用于脑脊液（CSF）的宏基因组下一代测序（mNGS）。该方法可能规避上述局限性，共涉及1,248名受检患者，其中617名患者同时接受了常规诊断和mNGS双重检测，共检出116种微生物，包括仅由mNGS检出的50种、仅由常规方法检出的9种以及由常规方法和mNGS共同检出的57种。在217项不一致的CSF结果中，103份CSF样本仅由mNGS记录，87份CSF样本仅由常规方法记录，以及
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个，合计 19.20 MB。数据集 DOI：10.3389/fmicb.2022.926240.s003。
【主题与分类】
源站学科分类：Microbiology、Microbial Genetics、Microbial Ecology、Mycology。主题标签：metagenomic next generation sequencing、diagnosis、point-of-care laboratory、multiplex RT-PCR、culture、pathogen genome、antibiotic resistance、genotyping。本站分类：感染性疾病/其他。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Microbiology、Microbial Genetics、Microbial Ecology、Mycology。
【获取与许可】
源站页面：https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/Table_1_Direct_Metagenomic_Diagnosis_of_Community-Acquired_Meningitis_State_of_the_Art_XLSX/20225715
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Morsli, Madjid; Lavigne, Jean Philippe; Drancourt, Michel (2022). Table_1_Direct Metagenomic Diagnosis of Community-Acquired Meningitis: State of the Art.XLSX. Frontiers. Dataset
【使用注意】
· 源站最后修改于 2023-06-14，引用时请注意版本时效。
下载信息
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数据集获取（Figshare）
- 源站标题：Table_1_Direct Metagenomic Diagnosis of Community-Acquired Meningitis: State of the Art.XLSX
- DOI：10.3389/fmicb.2022.926240.s003
- 发布日期：2022-07-05
- 文件数：1 个
- 文件总体积：19.20 MB
- 源站页面：https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/Table_1_Direct_Metagenomic_Diagnosis_of_Community-Acquired_Meningitis_State_of_the_Art_XLSX/20225715
命令行下载
curl -L -o "Table_1_Direct Metagenomic Diagnosis of Community-Acquired Meningitis: State of the Art.XLSX" "https://ndownloader.figshare.com/files/36150207"
文件清单
Table_1_Direct Metagenomic Diagnosis of Community-Acquired Meningitis: State of the Art.XLSX（19.20 MB）
文件总体积 19.20 MB（源站 API 实测）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据说明
目前，采用多重实时聚合酶链反应（RT-PCR）对社区获得性脑膜炎（CAM）进行常规诊断，在可检测病原体数量及其全面表征方面存在局限，需要额外的体外研究来揭示基因型和抗菌药物敏感性。我们回顾了截至2021年12月发表的51项研究，这些研究报告了直接应用于脑脊液（CSF）的宏基因组下一代测序（mNGS）。该方法可能规避上述局限性，共涉及1，248名受检患者，其中617名患者同时接受了常规诊断和mNGS检测，共检出116种微生物，包括仅由mNGS检出的50种、仅由常规方法检出的9种，以及常规方法和mNGS均检出的57种。在217份不一致的CSF结果中，103份CSF样本仅由mNGS记录，87份CSF样本仅由常规方法记录，27份CSF样本中mNGS鉴定的病原体与常规方法发现的病原体不同。总体而言，mNGS能够实时对CAM致病病原体进行诊断和基因组监测，其成本与当前常规多重RT-PCR具有竞争力。
mNGS可作为常规检查的一部分在即时检验（POC）实验室开展，以改善CAM的诊断和分子流行病学，尤其是在常规检测失败的情况下。
许可
CC BY 4.0
引用
学术使用请引用 DOI 10.3389/fmicb.2022.926240.s003（source: https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/Table_1_Direct_Metagenomic_Diagnosis_of_Community-Acquired_Meningitis_State_of_the_Art_XLSX/20225715）。
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