鸭腺病毒4型Fiber2 knob及同源禽腺病毒纤维头分子动力学分析数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.23631874

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本数据集包含精选的处理后分子动力学坐标、衍生结果、分析定义、可用的模拟输入、复现脚本及验证记录，以支持研究《鸭腺病毒4型Fiber2 Knob结构域的晶体结构与分子动力学》。该数据包涵盖与PDB登录号27HU相关的DAdV-4 Fiber2 knob模型的三个1000 ns轨迹、一个1000 ns替代模型敏感性对照，以及7VXO和2VTW同源物各三个1000 ns轨迹。所含材料支持对结构偏差、波动、二级结构、环区动力学、相关性、主成分及采样构象分布的部分分析。同源连接子RMSF比较采用500–1000 ns区间；处理后的7VXO Cα轨迹及相关RMSD分析覆盖0–1000 ns。数据包包含SHA-256文件清单及数值一致性检查记录。数据包相对的7VXO复现脚本重新生成了八个存档CSV表格，无数值差异。

这是一个分析数据包，而非原始模拟轨迹或重启检查点的完整存档。验证所确立的是指定保存分析的一致性，并不证明能够复现整个手稿工作流程、系综收敛或生物学功能。各组件README文件和PACKAGE_SCOPE.md描述了所包含的材料及其局限性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。