克罗恩病患者细菌鞭毛蛋白抗体反应与生物制剂治疗反应的宏基因组与PhIP-seq数据
该数据集对应于一项针对未使用过生物制剂的克罗恩病患者的前瞻性纵向研究，随访时间最长52周。数据集包含：1. 宏基因组数据：粪便样本的物种和MetaCyc微生物通路；2. PhIP-seq数据
基本信息
资源简介
克罗恩病患者细菌鞭毛蛋白抗体反应与生物制剂治疗反应的宏基因组与PhIP-seq数据
该数据集围绕克罗恩病（Crohn's disease）患者在接受生物制剂治疗前后的抗体应答展开，核心科学问题是细菌鞭毛蛋白抗体反应减弱与生物制剂治疗应答之间的关联。数据集英文全称为“Metagenomic and PhIP-seq data for 'Decreased antibody response to bacterial flagellins is associated with response to biologic treatment in patients with Crohn's disease'”，由作者Leibovitzh, Haim发布，机构为Zenodo，发布时间为2025年。数据来源于一项针对未使用过生物制剂的克罗恩病患者的前瞻性纵向研究，随访时间最长52周。数据集同时包含宏基因组数据和PhIP-seq数据两类内容，分别用于刻画粪便样本中的微生物组成与功能通路，以及抗体反应特征。该数据集在站点分类中归入感染性疾病 / 其他，采用Creative Commons Attribution 4.0 International许可发布。
【数据集背景】
该数据集对应一项前瞻性纵向研究，研究对象为未使用过生物制剂（biologic-naïve）的克罗恩病患者，随访时间最长可达52周。研究关注的科学问题与细菌鞭毛蛋白抗体反应和生物制剂治疗应答之间的关系有关。克罗恩病是一种慢性炎症性肠病，生物制剂是其重要治疗手段之一，而治疗应答的预测与机制探索是该领域的研究重点。该数据集通过整合粪便宏基因组数据与PhIP-seq抗体谱数据，为在纵向随访框架下考察微生物组特征与抗体反应之间的关系提供了数据基础。源站未提供更多关于研究设计细节、样本量、随访时间点分布等信息。
【数据内容】
数据集包含两类数据。第一类为宏基因组数据，具体包括粪便样本的物种（Species）和MetaCyc微生物通路（MetaCyc microbial pathways）信息。这意味着数据既覆盖了粪便微生物群落的物种层面组成，也覆盖了基于MetaCyc数据库注释的微生物功能通路层面信息。第二类为PhIP-seq数据，PhIP-seq是一种用于高通量抗体谱分析的技术，可用于检测样本中针对多种抗原的抗体反应。该数据集将这两类数据并列提供，便于研究者从微生物组成、微生物功能通路以及抗体反应等多个维度开展分析。源站未提供关于数据文件格式、文件数量、数据规模、具体物种列表或通路列表等更细粒度的信息。
【采集与来源】
数据来源为一项针对未使用过生物制剂的克罗恩病患者的前瞻性纵向研究，随访时间最长52周。数据集发布机构为Zenodo，来源站为doi.org。作者为Leibovitzh, Haim。发布时间为2025年。源站未提供关于样本采集地点、采集流程、受试者招募方式、伦理审批信息、样本处理与测序平台等具体信息。
【适用场景】
该数据集适用于与克罗恩病、生物制剂治疗应答、肠道微生物组以及抗体反应相关的研究场景。具体而言，可利用宏基因组数据中的物种和MetaCyc微生物通路信息，分析粪便微生物组成与功能特征；可利用PhIP-seq数据分析抗体反应谱；也可将两类数据结合，在纵向随访框架下探索微生物组特征与抗体反应之间的关系，尤其是与细菌鞭毛蛋白抗体反应及生物制剂治疗应答相关的科学问题。此外，该数据集也可用于方法学比较、数据整合分析或作为相关研究的参考数据。源站未提供关于具体适用分析流程或推荐工具的说明。
【使用方法】
源站未提供关于数据下载方式、文件组织方式、数据预处理步骤、分析流程或推荐软件工具的具体说明。使用者需依据数据集在Zenodo上的发布页面获取进一步信息。由于该数据集采用Creative Commons Attribution 4.0 International许可，使用时应遵循该许可的相关要求。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量评估、缺失值情况、批次效应、样本量、随访完成率或潜在偏倚等方面的具体信息。该数据集基于一项前瞻性纵向研究，随访时间最长52周，但源站未说明实际随访完成情况或样本分布。使用者在解释分析结果时，应结合研究设计与数据特征谨慎判断。源站未提供关于数据局限性或注意事项的进一步说明。
【引用与许可】
该数据集采用Creative Commons Attribution 4.0 International许可发布。使用该数据集时，应按照该许可要求进行署名。作者为Leibovitzh, Haim，发布机构为Zenodo，发布时间为2025年。源站未提供具体的引用格式、DOI编号或推荐引用文本。
下载信息
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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.15760861
标准获取流程：
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- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集对应于一项前瞻性纵向研究，研究对象为未使用过生物制剂的克罗恩病患者，随访时间长达52周。数据集包含：1. 宏基因组数据：粪便样本的物种和MetaCyc微生物通路 2. PhIP-seq数据
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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