高危性伴侣咽部宏基因组分析

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT07671014

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数据说明

条件：淋病、淋病奈瑟菌、脑膜炎奈瑟菌、宏基因组下一代测序。本研究的主要重点是开发一种用于性传播感染（STIs）的宏基因组检测方法，使用从一名确诊淋病患者性伴侣的咽部采集的样本。初步分析将针对所鉴定出的奈瑟菌属菌种（淋病奈瑟菌[NG]和脑膜炎奈瑟菌[NM]）、合并感染、所见的毒力因子以及与抗生素耐药相关的突变。将采集每位参与者的完整临床病史，研究者将询问其是否接种过4CMenB疫苗（针对NM，对NG具有高达30-40%的保护力）或服用过多西环素暴露后预防（DoxyPEP，性行为后服用多西环素200mg），因为约15%的NG对四环素类敏感。次要研究问题将聚焦于利用宏基因组学在咽部可检测到哪些其他STIs。可能存在与沙眼衣原体（D-K血清型和L1-3血清型）、生殖支原体、苍白密螺旋体、人乳头瘤病毒和疱疹病毒的合并感染。

该研究还将探讨在性健康研究环境中开展宏基因组测序的可行性、周转时间及潜在的运营考量因素。该宏基因组检测仅用于研究目的，并非作为指导参与者管理的经验证的诊断检测。目前淋病（NG）的检测采用靶向检测方法，使用引物（一种针对每种感染各不相同的遗传密钥），然后对脱氧核糖核酸（DNA）或核糖核酸（RNA）进行扩增。临床团队只能看到他们所检测的内容；因此，如果他们不开具NG检测，就会漏诊。此外，性健康领域没有针对脑膜炎奈瑟菌（NM）的靶向检测；因此，只有当实验室能够通过培养使该病原体生长时，临床团队才能“看到”这种感染。在标准诊疗路径下，NG培养仅在50%的病例中呈阳性。当病原体不生长时，就无

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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