通过不同类型连接反应明确鉴定miRNA:靶位点相互作用

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE56180

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为发挥调控功能，miRNA引导Argonaute（AGO）蛋白结合到靶RNA上部分互补的位点。交联与免疫沉淀（CLIP）是绘制AGO结合位点的最先进技术，但将这些位点与靶向它们的miRNA相对应，依赖于生物信息学预测，因此是间接的。为了直接且明确地鉴定miRNA与靶位点的相互作用，我们修改了秀丽隐杆线虫中的CLIP方法，通过实验将miRNA与其靶位点连接。出乎意料的是，连接反应在外源连接酶缺失的情况下也会发生。我们的体内数据集以及对已发表的哺乳动物AGO-CLIP数据中miRNA嵌合体的重新分析，获得了超过17,000个miRNA与靶位点的相互作用。对相互作用的分析以及对病毒miRNA嵌合体所发现靶标的广泛实验验证表明，我们的策略能够识别经典、非经典及非保守的miRNA相互作用。我们的数据提示，约80%的miRNA与靶标具有完美或部分种子互补性。总之，对miRNA与靶标嵌合体的分析使得系统性地、特定于生理背景的体内miRNA相互作用发现成为可能。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。