线虫维生素B12代谢相关饮食条件与基因扰动RNA-seq图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE255866

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

基因组尺度代谢网络模型（MNMs）可与一种称为通量平衡分析的数学建模工具结合使用，从而在系统层面深入理解代谢。此类模型将生物体的代谢作为一个整体来表示，并不会自动揭示通量整体是如何连接的，即哪些反应承载通量、哪些不承载，而大规模测量通量具有挑战性。酶水平（以mRNA水平作为代理指标）可用于预测反应通量。然而，将基因表达数据与MNMs整合仅能部分约束通量模型。在此，我们利用大规模Worm Perturb-Seq数据集，推导未受扰动动物中代谢是如何连接的。我们提出了一个高度约束的半定量最优通量分布，反映了成年阶段动物体内代谢的连接方式。我们发现了若干此前未知的秀丽隐杆线虫代谢特征，包括通过磷酸戊糖途径的循环通量，以及氨基酸和细菌RNA作为能源的主要用途，所有这些均通过同位素示踪得到了验证。

我们仅基于基因表达推断代谢连接关系的策略，应适用于多种系统，包括人类细胞。该数据集包含在概念验证研究中收集的RNA-seq图谱，这些研究涉及用于从Worm Perturb-Seq数据集预测通量连接关系的指标。该数据集包括三组数据：饲喂活菌与饲喂多聚甲醛灭活（PFA灭活）细菌的动物图谱；在维生素B12补充梯度下丙酸降解代谢中基因敲低的图谱；以及在维生素B12和胆碱补充条件下Met/SAM循环中基因敲低的图谱。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。