急性与慢性诺如病毒(CR6和CW3)感染中的小肠T细胞
该数据集来自 immgenT 开源项目 IGT26,聚焦小鼠诺如病毒 CR6 与 CW3 株急性及慢性感染期间小肠 T 细胞的表征
![GSE347608: Small intestine T cells in acute and chronic norovirus (CR6 and CW3) [I26]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/219098.jpg)
基本信息
资源简介
急性与慢性诺如病毒(CR6和CW3)感染中的小肠T细胞
GSE347608 是一个聚焦小鼠小肠 T 细胞在诺如病毒感染过程中变化特征的数据集,英文全称为 Small intestine T cells in acute and chronic norovirus (CR6 and CW3) [I26]。该数据集来源于 immgenT 开源项目的 IGT26 部分,围绕小鼠诺如病毒 CR6 与 CW3 两个毒株在急性与慢性感染条件下对小肠 T 细胞进行表征。数据集由 Mariya、London 发布,发布时间为 Sep 16 202,在来源站点归类于感染性疾病 / 其他方向,主题标签涉及 Other、GPL24247 与 10090。数据集当前包含 1 个文件,样例文件为 GSE347608_series_matrix.txt.gz,整体以压缩形式提供,便于下载后按表达谱矩阵格式读取与分析。
【数据集背景】
该数据集属于 immgenT Open Source Project 的组成部分,具体对应 IGT26 研究单元。immgenT 项目关注免疫系统相关细胞群体的系统化表征,而 IGT26 则将关注点放在小肠 T 细胞上,研究其在急性与慢性小鼠诺如病毒感染过程中的表现。研究所涉及的病毒毒株为 CR6 与 CW3,这两种毒株分别对应急性与慢性感染模型,因此该数据集的核心背景是小肠局部免疫细胞在两种感染时程下的对比性刻画。来源站将其归入感染性疾病 / 其他分类,说明其应用语境与感染免疫学相关。
【数据内容】
数据集提供的核心文件为 GSE347608_series_matrix.txt.gz,属于 GZIP 压缩格式的系列矩阵文件。该文件通常承载样本层面的表达谱矩阵信息,包括样本标识、基因或探针标识以及对应的测量值等结构化内容。文件数量为 1,意味着当前可获取的数据以单一矩阵文件的形式组织。主题标签中包含 GPL24247 与 10090,前者对应芯片平台标识,后者对应小鼠这一物种标识,表明数据是在小鼠背景下、基于特定平台产生的。数据集标题与描述均强调小肠 T 细胞在 CR6 与 CW3 株急性和慢性感染中的表征,因此数据内容围绕这一细胞群体与感染条件的组合展开。
【采集与来源】
数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov,即 NCBI 站点,数据集编号为 GSE347608。源站描述指出该研究是 immgenT 开源项目的一部分,来自 IGT26,重点在于小鼠诺如病毒 CR6 与 CW3 株急性及慢性感染期间小肠 T 细胞的表征。作者信息为 Mariya、London,发布时间为 Sep 16 202。除上述信息外,关于具体样本采集流程、实验操作细节、测序或芯片杂交步骤等内容,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于感染免疫学方向的研究场景,尤其是关注小肠 T 细胞在诺如病毒感染急性期与慢性期差异的研究。由于涉及 CR6 与 CW3 两种毒株,可用于比较不同感染模式下的细胞表征特征。主题标签中的小鼠物种标识与平台标识也提示其可用于跨样本的表达谱分析、免疫细胞群体特征描述以及与 immgenT 项目其他数据集的整合参照。对于希望了解小肠局部 T 细胞在病毒感染过程中变化规律的研究者,该数据集提供了可用的矩阵型数据资源。
【使用方法】
使用时可先下载 GSE347608_series_matrix.txt.gz 文件,按 GZIP 压缩包格式进行解压与读取。由于文件为系列矩阵形式,读取后应首先在小样本上核对字段名称、编码方式与数据结构,确认样本标识、特征标识与测量值之间的对应关系无误,再批量接入后续分析流程。建议在正式分析前检查缺失值、重复标识与异常值等基本情况,以保证数据接入的稳定性。源站未提供更具体的分析流程或参数建议。
【质量与限制】
当前可确认的数据组织为单一压缩矩阵文件,文件数量为 1。关于样本量、测量精度、批次效应、数据完整性等质量指标,源站未提供。由于缺少实验细节与质控信息,使用者在分析前应自行完成字段核对与数据检查。该数据集聚焦于小鼠小肠 T 细胞与特定诺如病毒毒株,结论外推到其他物种、其他组织或其他病毒株时需谨慎。发布时间记为 Sep 16 202,年份信息不完整,引用时应注意核对。
【引用与许可】
作者为 Mariya、London,数据集编号 GSE347608,来源站点为 ncbi.nlm.nih.gov。关于该数据集的许可条款、使用限制与正式引用格式,源站未提供,使用者在下载与使用前应向来源站点确认相关要求。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE347608
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本研究是immgenT开源项目的一部分,具体来自IGT26,该项目聚焦于急性和慢性鼠诺如病毒感染(CR6和CW3株)期间小肠T细胞的特性研究。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册(NMPA/FDA)?
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连,提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。

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