恶性疟原虫转录组异常高序列水平变异数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE179055

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

RNA中的单核苷酸变异（SNVs）源于共转录和转录后现象，包括转录错误和RNA编辑，已在多种生物中得到充分研究。在疟疾寄生虫恶性疟原虫（Plasmodium falciparum）中，阶段特异性和非特异性的基因表达变异伴随着该寄生虫在其复杂生命周期中一系列发育和形态表型的变化。然而，该寄生虫转录组中序列水平变异的程度、速率和效应尚不清楚。在此，我们报道了恶性疟原虫转录组中普遍存在的非特异性SNVs。一个基因的SNV速率与该基因的AT含量不相关。我们所使用的恶性疟原虫品系的全局SNV速率，以及公开可用的间日疟原虫（P. vivax）和恶性疟原虫临床分离株数据集的全局SNV速率，约为每位点10^-3，比我们计算出的细菌数据集速率高约10倍。这些变异可能反映了寄生虫固有的转录错误率，而RNA编辑可能解释了其中的一部分。

寄生虫这一看似特征性的特性可能对临床结局以及恶性疟原虫的基础生物学与进化、乃至更广泛的寄生虫生物学具有重要意义。我们预期，本研究将促使进一步探究这些SNV的确切来源、后果及可能的适应性作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。