SARS-CoV-2感染人原代肝细胞来源球体经干扰素a2和baricitinib治疗的RNA-seq

该数据集来自 EBI Expression Atlas 的差异表达实验,物种为 Homo sapiens,内容为 SARS-CoV-2 感染的人原代肝细胞来源球体在干扰素 a2 和 baricitinib 处理后的 RNA-seq 表达数据

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基因组预测Differential
E-MTAB-9711: RNA-seq of SARS-CoV-2-infected human primary hepatocyte-derived spheroids upon interferon a2 and baricitinib treatment

基本信息

模态
基因组
任务类型
预测
创建/更新时间
2026-10-21

资源简介

SARS-CoV-2感染人原代肝细胞来源球体经干扰素a2和baricitinib治疗的RNA-seq

E-MTAB-9711 是一项收录于 EBI Expression Atlas 的差异表达实验数据集,物种为 Homo sapiens。该数据集围绕 SARS-CoV-2 感染的人原代肝细胞来源球体展开,研究在干扰素 a2 与 baricitinib 处理条件下细胞的 RNA-seq 表达变化。数据集英文全称为“RNA-seq of SARS-CoV-2-infected human primary hepatocyte-derived spheroids upon interferon a2 and baricitinib treatment”,在本站归类于感染性疾病 / 其他类别,主题标签为 Differential。整体而言,该数据集提供了在体外三维球体模型中考察病毒感染与药物干预对宿主转录组影响的表达数据资源,可供关注 SARS-CoV-2 感染、干扰素应答及 baricitinib 作用机制的研究者参考使用。

【数据集背景】

该数据集来源于 EBI Expression Atlas 的差异表达实验。其研究背景涉及 SARS-CoV-2 感染与宿主细胞转录组之间的相互作用,以及干扰素 a2 和 baricitinib 两种处理因素对感染细胞表达谱的影响。实验采用人原代肝细胞来源的球体作为研究对象,这类三维培养模型在体外研究中具有应用价值。数据集的主题标签为 Differential,表明其核心内容为差异表达分析相关的数据。关于该研究的更详细科学背景,源站未提供。

【数据内容】

数据集的内容为 RNA-seq 表达数据,实验材料为 SARS-CoV-2 感染的人原代肝细胞来源球体,并接受干扰素 a2 和 baricitinib 处理。数据以差异表达实验的形式组织,物种为 Homo sapiens。数据集英文名称完整概括了实验体系与处理条件。关于样本数量、测序深度、差异表达基因数目、具体表达矩阵内容等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来自 ebi.ac.uk,属于 EBI Expression Atlas 中的实验记录,源站描述其为 Expression Atlas experiment (Differential),物种为 Homo sapiens。数据集的原始采集方法、测序平台、建库策略、样本制备流程等具体信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与 SARS-CoV-2 感染相关的转录组研究场景,尤其是涉及人原代肝细胞来源球体模型、干扰素 a2 处理以及 baricitinib 处理的差异表达分析。研究者可将其用于比较不同处理条件下的基因表达变化,或作为相关体外感染模型表达数据的参考。关于该数据集在其他具体研究场景中的适用性,源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 EBI Expression Atlas 获取,属于差异表达实验记录。关于数据下载格式、分析流程、参数设置及具体使用说明,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 EBI Expression Atlas 收录的差异表达实验,物种明确为 Homo sapiens,实验体系与处理条件在名称与描述中有明确交代。关于数据质量评估指标、批次效应、样本量、重复数及潜在局限性等信息,源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可条款,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-MTAB-9711

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Expression Atlas experiment (Differential). Species: Homo sapiens. RNA-seq of SARS-CoV-2-infected human primary hepatocyte-derived spheroids upon interferon a2 and baricitinib treatment

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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