HIV-1感染期间SOX4和HOXD3 CRISPR敲除SupT1细胞对比野生型SupT1细胞的RNA-Seq
可用于研究SOX4和HOXD3基因在HIV-1感染宿主细胞中的转录组差异，支持差异表达分析与感染相关基因功能探索（来源 ebi.ac.uk）
基本信息
资源简介
HIV-1感染期间SOX4和HOXD3 CRISPR敲除SupT1细胞对比野生型SupT1细胞的RNA-Seq
E-MTAB-8444 是一项以 RNA-Seq 为技术手段的差异表达实验数据集，研究对象为人源 SupT1 细胞，比较对象为 SOX4 与 HOXD3 两个基因分别经 CRISPR 敲除后的细胞与野生型 SupT1 细胞，比较背景为 HIV-1 感染过程。该数据集在分类上归入感染性疾病 / 其他，主题标签为 Differential，来源站为 ebi.ac.uk，源站将其描述为 Expression Atlas 中的一项差异表达实验。整体而言，该数据集可用于研究 SOX4 和 HOXD3 基因在 HIV-1 感染宿主细胞中的转录组差异，支持差异表达分析与感染相关基因功能探索。
【数据集背景】
该数据集聚焦于 HIV-1 感染宿主细胞过程中的转录组变化，并以 CRISPR 基因敲除作为扰动手段，考察 SOX4 与 HOXD3 两个基因在感染背景下的作用。实验以野生型 SupT1 细胞作为对照，将 SOX4 敲除细胞和 HOXD3 敲除细胞分别与之比较，从而在差异表达层面观察这两个基因缺失所引发的转录组改变。源站将其归类为 Expression Atlas 的差异表达实验，物种标注为 Homo sapiens，主题标签为 Differential。该数据集所属分类为感染性疾病 / 其他，说明其应用语境与感染性疾病的分子机制研究相关。
【数据内容】
数据内容为 RNA-Seq 实验产生的转录组表达数据，涉及三类细胞样本：SOX4 CRISPR 敲除的 SupT1 细胞、HOXD3 CRISPR 敲除的 SupT1 细胞，以及野生型 SupT1 细胞，全部处于 HIV-1 感染背景之下。数据集的核心设计是比较敲除组与野生型之间的基因表达差异，因此其数据组织方式服务于差异表达分析。关于样本数量、测序深度、reads 长度、重复数、具体表达矩阵文件格式等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 ebi.ac.uk，属于 Expression Atlas 中的一项实验记录，实验类型为差异表达（Differential），物种为人（Homo sapiens）。实验材料为 SupT1 细胞系，采用 CRISPR 技术分别敲除 SOX4 和 HOXD3 基因，并以野生型细胞作为对照，在 HIV-1 感染条件下进行 RNA-Seq 测序。关于具体的细胞培养条件、感染方法、测序平台、建库策略与数据处理流程，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于以下研究方向：HIV-1 感染宿主细胞后转录组变化的差异表达分析；SOX4 基因敲除与野生型之间的表达谱比较；HOXD3 基因敲除与野生型之间的表达谱比较；以及围绕这两个基因在感染相关基因功能探索中的候选作用开展二次分析。由于主题标签为 Differential，其典型用途是识别敲除组与对照组之间的差异表达基因，并据此提出关于基因功能的假设。需要说明的是，该数据集并不直接提供临床样本或体内实验数据，其结论外推需谨慎。
【使用方法】
使用时可按照差异表达实验的常规思路，将 SOX4 敲除组和 HOXD3 敲除组分别与野生型 SupT1 细胞组进行比较，获得差异表达基因列表，再进行功能富集或通路层面的解读。由于涉及 HIV-1 感染背景，分析中应把感染条件作为共同的实验背景加以考虑。关于数据下载地址、文件命名规则、标准化方法与推荐分析工具，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为 Expression Atlas 收录的差异表达实验，物种与实验设计信息明确。其限制在于：仅涉及 SupT1 细胞系这一体外模型，实验结论不能直接等同于体内感染过程；仅针对 SOX4 与 HOXD3 两个基因的敲除，覆盖范围有限。关于重复数、批次效应、测序质量指标与数据完整性评估，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ebi.ac.uk，属于 Expression Atlas 实验记录。关于具体的引用文献、作者列表、许可条款与使用限制，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-MTAB-8444
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Expression Atlas experiment (Differential). Species: Homo sapiens. RNA-Seq of SOX4 and HOXD3 CRISPR KO SupT1 cells against wildtype SupT1 cells during HIV-1 infection
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
依托陕西、四川两大基地，我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系，覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程，为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。
⚡️ 需要数据支持或标注服务？立即联系我们获取专业方案。
