EBV感染原代人类B淋巴细胞潜伏前期的转录组时间序列分析

数据覆盖原代人类B淋巴细胞在感染 Epstein-Barr 病毒(EBV)后潜伏前期的转录组时间序列分析,可用于研究病毒感染的早期转录响应、差异表达基因识别及时间动态变化(来源 ebi.ac.uk)

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基因组回归Differential
E-MTAB-7805: Infection of naïve primary human B-lymphocytes with Epstein-Barr virus (EBV) – time course transcriptomic analysis in the pre-latent phase of viral infection

基本信息

模态
基因组
任务类型
回归
创建/更新时间
2026-10-18

资源简介

EBV感染原代人类B淋巴细胞潜伏前期的转录组时间序列分析

E-MTAB-7805 是一项针对原代人类B淋巴细胞在感染 Epstein-Barr 病毒(EBV)后潜伏前期转录组变化的时间序列分析数据集。该数据集以差异表达分析为核心主题,记录了病毒感染早期阶段宿主细胞的转录响应过程,可用于观察基因表达随时间推移的动态变化规律。数据来源于 ebi.ac.uk,属于感染性疾病领域的表达谱实验数据,物种为 Homo sapiens。整体而言,该数据集围绕 EBV 感染初期这一关键时间窗口,为研究病毒与宿主细胞相互作用的早期分子事件提供了转录层面的实验记录。

【数据集背景】

Epstein-Barr 病毒是一种广泛感染人类的病毒,其感染过程涉及与宿主细胞复杂的相互作用。原代人类B淋巴细胞是 EBV 感染的主要靶细胞之一,病毒进入细胞后、建立潜伏感染之前存在一个被称为潜伏前期的阶段。该阶段宿主细胞的转录程序如何变化,是理解病毒感染早期机制的重要环节。本数据集正是针对这一生物学问题设计的时间序列转录组实验,通过差异表达分析刻画感染后潜伏前期的基因表达变化。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Differential,即差异表达分析类实验。其内容覆盖原代人类B淋巴细胞在感染 EBV 之后潜伏前期的转录组时间序列分析,可用于研究病毒感染的早期转录响应、差异表达基因识别以及表达随时间变化的动态特征。数据以时间序列的形式组织,反映感染后不同时间点的宿主细胞转录组状态。物种信息为 Homo sapiens。除上述内容外,源站未提供关于样本数量、时间点设置、基因数量等更细粒度的数据内容说明。

【采集与来源】

该数据集来源于 ebi.ac.uk,属于 Expression Atlas 中的 Differential 类实验。源站描述表明,其实验对象为原代人类B淋巴细胞,处理方式为 EBV 感染,分析类型为潜伏前期的转录组时间序列分析。数据集的英文全称明确指向“感染 EBV 的原代人类B淋巴细胞——病毒感染潜伏前期的转录组时间序列分析”。关于具体的实验平台、测序或芯片技术、样本制备流程等信息,源站未提供。

【适用场景】

基于其时间序列与差异表达的设计,该数据集适用于研究 EBV 感染早期宿主B淋巴细胞的转录响应,包括识别在潜伏前期发生差异表达的基因、分析基因表达随时间变化的动态模式,以及探讨病毒感染初期宿主细胞转录程序的改变。此外,该数据也可作为感染性疾病领域中病毒—宿主相互作用研究的参考表达谱资源。关于其在具体疾病模型、临床转化或药物靶点研究中的适用性,源站未提供进一步说明。

【使用方法】

该数据集以 Expression Atlas 实验的形式提供,主题为差异表达分析。使用者可据此开展感染前后或不同时间点之间的基因表达比较研究。关于数据的具体下载方式、文件格式、分析流程、标准化处理方法及配套工具,源站未提供详细说明。

【质量与限制】

该数据集来源于 ebi.ac.uk 的 Expression Atlas,属于经过整理的差异表达实验记录。其物种为人,实验体系为原代人类B淋巴细胞感染 EBV 的潜伏前期时间序列。关于样本量、重复数、统计显著性阈值、批次效应控制及数据完整性等质量相关信息,源站未提供,因此无法对数据质量作出进一步评估。使用时应结合源站的原始记录加以核实。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可条款,源站未提供。使用者在引用或再利用该数据前,应查阅 ebi.ac.uk 上对应的实验记录以获取准确的引用信息和许可要求。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-MTAB-7805

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

表达图谱实验(差异分析)。物种:智人。用爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)感染初始原代人B淋巴细胞——病毒感染潜伏前期的时程转录组分析

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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