感染R. conorii和R. montanensis的THP-1衍生巨噬细胞RNA-seq（1 hpi）对比未感染细胞
数据为RNA-seq，比较感染R. conorii和R. montanensis的THP-1衍生巨噬细胞在感染后1小时（1 hpi）与未感染细胞的转录组差异
基本信息
资源简介
感染R. conorii和R. montanensis的THP-1衍生巨噬细胞RNA-seq（1 hpi）对比未感染细胞
E-MTAB-6724 是一项针对人类细胞感染模型的转录组测序数据集，全称为“RNA-seq of THP-1-derived macrophages infected with R. conorii and R. montanensis (1 hpi) against uninfected cells”。该数据集以 THP-1 衍生巨噬细胞为宿主细胞，分别感染 R. conorii 与 R. montanensis 两种病原体，并在感染后 1 小时（1 hpi）与未感染细胞进行对照比较，通过 RNA-seq 获取转录组层面的差异表达信息。数据物种为 Homo sapiens，属于表达谱实验中的差异表达类型，来源站点为 ebi.ac.uk，在本站归入“感染 / 其他”分类。整体而言，该数据集可用于观察宿主巨噬细胞在感染极早期对两种病原体刺激的转录响应差异。
【数据集背景】
该数据集来源于 EBI 的表达谱实验资源，属于 Differential（差异表达）类型的实验记录。其设计背景是比较宿主细胞在感染两种不同病原体后的早期转录组变化。实验选用 THP-1 衍生巨噬细胞作为宿主模型，分别接受 R. conorii 和 R. montanensis 感染，并以未感染细胞作为对照。感染时间点设定为感染后 1 小时（1 hpi），这一时间点处于感染过程的极早期阶段，适合考察宿主细胞在病原体接触后最初的转录重编程。物种信息明确为 Homo sapiens，说明测序数据映射到人类转录组。
【数据内容】
数据内容为 RNA-seq 测序数据，实验比较的是感染 R. conorii 和 R. montanensis 的 THP-1 衍生巨噬细胞在 1 hpi 时相对于未感染细胞的转录组差异。数据主题标签为 Differential，表明其核心产出是差异表达结果而非单纯的表达量汇总。数据涉及两组感染条件与一组未感染对照之间的比较关系。关于测序平台、reads 数量、差异基因数目、表达量单位等具体技术参数，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来自 ebi.ac.uk，源站将其描述为 Expression Atlas experiment (Differential)，物种为 Homo sapiens，实验内容为感染 R. conorii 和 R. montanensis 的 THP-1 衍生巨噬细胞在 1 hpi 时与未感染细胞的 RNA-seq 比较。本站将其归入“感染 / 其他”分类。除上述来源与实验归属信息外，样本采集地点、时间、伦理审批信息等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究宿主巨噬细胞在感染极早期（1 hpi）对 R. conorii 与 R. montanensis 的转录组响应，可用于比较两种病原体刺激下宿主基因表达差异，也可作为感染转录组分析、差异表达方法验证或宿主-病原互作早期机制探索的参考数据。由于数据为 Differential 类型，适合用于差异表达相关的下游分析场景。具体应用结论需结合数据本身分析得出，源站未提供预设的应用结论。
【使用方法】
使用时可依据实验设计，将感染 R. conorii、感染 R. montanensis 的样本分别与未感染对照进行比较，获得差异表达结果。分析时应关注 1 hpi 这一时间点所对应的早期响应特征，并注意物种为 Homo sapiens。关于数据下载方式、文件格式、分析流程与标准化方法，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集的时间点仅为感染后 1 小时，覆盖的是极早期转录响应，不能外推至更晚时间点的感染过程。数据仅涉及 THP-1 衍生巨噬细胞这一细胞模型，物种为 Homo sapiens。关于测序深度、重复数、批次效应、质控指标等质量信息，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的来源站点为 ebi.ac.uk，源站描述其为 Expression Atlas experiment (Differential)。关于具体的引用文献、作者列表、许可协议与使用条款，源站未提供。
下载信息
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暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-MTAB-6724
标准获取流程：
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- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Expression Atlas experiment (Differential). Species: Homo sapiens. RNA-seq of THP-1-derived macrophages infected with R. conorii and R. montanensis (1 hpi) against uninfected cells.
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
