日本脑炎病毒感染人脑脊液深度蛋白质组网络与机器学习分析数据
Tehmina Bharucha，- 日本脑炎病毒感染中人脑脊液的深度蛋白质组网络与机器学习分析 [数据集]。主题标签：感染性疾病、日本脑炎病毒、脑脊液、蛋白质组学、机器学习、深度蛋白质组网络
基本信息
资源简介
日本脑炎病毒感染人脑脊液深度蛋白质组网络与机器学习分析数据
该数据集英文名为“Data from: - Deep proteomics network and machine learning analysis of human cerebrospinal fluid in Japanese encephalitis virus infection”，由 Tehmina Bharucha 提交，收录于 EBI（ebi.ac.uk）的 PRIDE Archive，项目编号为 PXD034789。数据集围绕日本脑炎病毒感染场景下的人脑脊液样本，采用深度蛋白质组网络与机器学习分析相结合的研究思路，属于感染性疾病领域的组学数据资源。其主题标签涵盖感染性疾病、日本脑炎病毒、脑脊液、蛋白质组学、机器学习与深度蛋白质组网络，便于研究者按疾病、样本类型和分析方法进行检索与定位。整体而言，该数据集为日本脑炎病毒感染的脑脊液蛋白质组研究提供了可公开获取的数据基础，适合与蛋白质组学、机器学习及感染性疾病生物标志物相关的工作参考使用。
【数据集背景】
日本脑炎病毒是一种引起中枢神经系统感染的病原体，脑脊液作为与中枢神经系统直接接触的体液，其蛋白质组成变化可在一定程度上反映感染过程中的宿主反应。该数据集正是在这一研究背景下产生，聚焦日本脑炎病毒感染患者脑脊液的深度蛋白质组分析，并引入网络分析与机器学习方法，以从蛋白质组数据中挖掘与感染相关的模式与特征。数据集标题明确体现了“深度蛋白质组网络”与“机器学习分析”两个方法学要素，说明其不仅包含蛋白质组测量层面的内容，也关联后续的数据挖掘与建模分析。
【数据内容】
该数据集的主题标签包括感染性疾病、日本脑炎病毒、脑脊液、蛋白质组学、机器学习与深度蛋白质组网络，表明数据内容围绕人脑脊液样本的蛋白质组学测量展开，并涉及网络构建与机器学习分析。关于具体的样本数量、蛋白质鉴定数量、定量指标、机器学习模型类型及性能指标等细节，源站未提供。
【采集与来源】
数据集来源于 ebi.ac.uk 的 PRIDE Archive，项目编号为 PXD034789，提交者为 Tehmina Bharucha。源站描述中给出的引用信息为“Tehmina Bharucha, - Deep proteomics network and machine learning analysis of human cerebrospinal fluid in Japanese encephalitis virus infection [Dataset]. https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD034789”。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批及具体实验流程等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于感染性疾病尤其是日本脑炎病毒感染相关的脑脊液蛋白质组研究，可用于蛋白质组数据的再分析、深度蛋白质组网络的构建与探索，以及机器学习方法在感染性疾病组学数据中的应用研究。同时，其主题标签涉及脑脊液与蛋白质组学，也可作为中枢神经系统感染生物标志物发现研究的参考数据资源。关于具体的适用分析流程与验证场景，源站未提供。
【使用方法】
该数据集可通过 PRIDE Archive 项目页面（https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD034789）访问与获取。关于数据文件格式、下载方式、预处理步骤及分析软件要求等具体使用说明，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集经 PRIDE Archive 收录，具备公开的项目编号与引用信息。关于数据质量评估指标、缺失值情况、批次效应及样本代表性等具体限制，源站未提供。
【引用与许可】
引用该数据集时，可参考源站给出的引用信息：Tehmina Bharucha, - Deep proteomics network and machine learning analysis of human cerebrospinal fluid in Japanese encephalitis virus infection [Dataset]. https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD034789。关于该数据集的具体许可条款与使用限制，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD034789
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Tehmina Bharucha, - Deep proteomics network and machine learning analysis of human cerebrospinal fluid in Japanese encephalitis virus infection [Dataset]. https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD034789
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托三甲直采网络，提供合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
