基本信息

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基因组

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1469893：晚期HIV患者血浆mNGS数据（部分数据集）

该数据集为 NCBI BioProject 编号 PRJNA1469893 的部分数据，主题为晚期 HIV 患者的血浆 mNGS（宏基因组测序）数据，属于感染与艾滋病毒/艾滋病领域，数据类型为原始序列读长（Raw sequence reads）。其英文名称为 PRJNA1469893: Plasma mNGS data from advanced HIV patients (partial dataset)，源站标题为 ID 1469893 - BioProject - NCBI，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。该数据集围绕晚期 HIV 患者血浆样本的宏基因组测序展开，可用于感染与艾滋病毒/艾滋病相关研究。需要注意的是，该数据集为部分数据集，并非该 BioProject 的全部数据。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject，编号为 PRJNA1469893。BioProject 是围绕某一项研究计划或倡议所汇集的一组生物学数据，这些数据通常来自单一机构或联合体。BioProject 记录为用户提供一个统一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集所属的 BioProject 聚焦于晚期 HIV 患者的血浆 mNGS 数据，属于感染与艾滋病毒/艾滋病领域。源站标题为 ID 1469893 - BioProject - NCBI，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Raw sequence reads，即原始序列读长。其内容为晚期 HIV 患者血浆 mNGS（宏基因组测序）数据。该数据集被标注为部分数据集，说明其仅覆盖 PRJNA1469893 这一 BioProject 中的部分数据，而非全部。除上述信息外，源站未提供关于样本数量、测序平台、读长长度、数据量、文件格式等更具体的数据内容说明。

【采集与来源】

该数据集来自 NCBI BioProject，编号 PRJNA1469893，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。其样本类型为晚期 HIV 患者的血浆，检测方法为 mNGS（宏基因组测序）。关于样本采集地点、采集时间、采集机构、伦理审批信息、受试者数量及人口学特征等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于感染与艾滋病毒/艾滋病领域的相关研究，尤其是基于血浆宏基因组测序的探索性分析。由于数据类型为原始序列读长，可用于宏基因组序列分析、病原体检测相关的方法研究或数据再分析等场景。但该数据集为部分数据集，使用时需注意其覆盖范围有限。关于该数据集是否适用于特定临床诊断、流行病学调查或纵向比较研究，源站未提供明确说明。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 记录获取，编号为 PRJNA1469893，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。用户可在该 BioProject 记录中查找与其关联的数据类型和下载入口。由于该数据集为部分数据集，使用时应确认所获取的数据是否完整覆盖研究所需范围。关于具体的下载方式、数据处理流程、推荐分析工具或参数设置，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为部分数据集，这是其主要限制之一，意味着它并不代表 PRJNA1469893 这一 BioProject 的全部数据。其数据类型为原始序列读长，通常需要后续处理和分析才能用于特定研究目的。关于数据质量、测序深度、覆盖度、污染控制、批次效应、样本代表性等，源站未提供。关于该数据集在晚期 HIV 患者群体中的代表性或可外推性，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI BioProject，编号为 PRJNA1469893，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于该数据集的引用方式、许可条款、使用限制或数据共享政策，源站未提供。使用者在引用或再利用该数据集时，应参考 NCBI BioProject 记录及相关数据页面中的说明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1469893

访问原始数据

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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1469893

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该BioProject包含本研究中晚期HIV病患者的85份血浆宏基因组下一代测序（mNGS）原始数据集和14份体液mNGS原始数据集。这些数据集代表了可供数据存放的全部原始测序文件。相关手稿中报告的临床分析和总结结果基于90例mNGS阳性病例的完整临床数据集，其中这85份血浆数据集构成了已存放的原始数据。90例mNGS阳性病例的所有人口统计学、临床和病原体鉴定数据均在手稿的表格和图中完整报告。如需有关临床数据的任何其他信息，请联系通讯作者。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别