基本信息

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创建/更新时间

2026-10-12

资源简介

HIV-1感染并用digoxin或DMSO处理的Jurkat细胞表达谱

E-MTAB-5982 是一项关于 HIV-1 感染与药物处理条件下基因表达变化的研究数据集，全称为“Expression profiling of Jurkat cells infected with HIV-1 and treated with digoxin or DMSO”。该数据集属于感染 / 艾滋病毒/艾滋病分类，来源于 ebi.ac.uk，属于 Expression Atlas 中的 Differential 实验。其核心内容是对感染 HIV-1 的 Jurkat 细胞分别进行 digoxin 或 DMSO 处理后的表达谱分析，可用于研究药物处理对 HIV-1 感染细胞基因表达的影响，并支持差异表达分析与感染相关机制探索。整体而言，该数据集为艾滋病相关基础研究提供了转录组层面的实验数据资源。

【数据集背景】

该数据集聚焦于 HIV-1 感染与药物干预的交叉领域。HIV-1 感染宿主细胞后会引起复杂的基因表达改变，而药物处理可能进一步调节这些变化。E-MTAB-5982 以 Jurkat 细胞为研究对象，Jurkat 细胞是一种常用于免疫学和病毒学研究的细胞模型。通过比较感染 HIV-1 后经 digoxin 处理与经 DMSO 处理的细胞，该实验旨在从表达谱层面观察药物处理对感染细胞的影响。数据集被归类为“感染 / 艾滋病毒/艾滋病”，并带有“Differential”主题标签，说明其设计核心在于差异表达分析。来源站为 ebi.ac.uk，属于 Expression Atlas 实验数据的一部分。

【数据内容】

数据内容为感染 HIV-1 的 Jurkat 细胞分别经 digoxin 或 DMSO 处理后的表达谱分析。实验涉及两种处理条件：digoxin 处理和 DMSO 处理。DMSO 通常作为溶剂对照，用于与药物处理组进行比较。表达谱分析能够反映在不同处理条件下细胞内基因表达水平的差异。该数据集的主题标签为“Differential”，表明其重点在于识别差异表达基因或转录本。物种为 Homo sapiens，即人类。源站描述中明确提到“Expression profiling of Jurkat cells infected with HIV-1 and treated with digoxin or DMSO”，概括了样本类型、感染状态和处理方式。除此之外，源站未提供更具体的基因数量、表达值范围或差异表达基因列表。

【采集与来源】

该数据集来源于 ebi.ac.uk，属于 Expression Atlas experiment (Differential)。源站描述提供了物种、实验类型和基本处理信息。数据集英文名为 E-MTAB-5982: Expression profiling of Jurkat cells infected with HIV-1 and treated with digoxin or DMSO。本站分类为“感染 / 艾滋病毒/艾滋病”，主题标签为“Differential”。关于具体的实验平台、测序深度、样本制备方法、数据采集时间、实验室信息等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于研究药物处理对 HIV-1 感染细胞基因表达的影响，支持差异表达分析与感染相关机制探索。具体而言，研究人员可以利用该数据比较 digoxin 处理与 DMSO 处理下感染 HIV-1 的 Jurkat 细胞的表达谱差异，从而探索 digoxin 在 HIV-1 感染背景下的潜在作用。此外，该数据集也可用于艾滋病相关基础研究中的转录组分析、候选基因筛选或通路层面的探索。由于数据涉及人类细胞系和 HIV-1 感染，其适用场景主要集中在病毒学、免疫学和药物机制研究领域。源站未提供其他具体应用案例或验证结果。

【使用方法】

该数据集可通过 ebi.ac.uk 获取，属于 Expression Atlas 中的 Differential 实验。用户可根据源站提供的实验描述和差异表达分析结果进行后续研究。使用方法可能包括下载表达谱数据、查看差异表达基因列表、进行富集分析或与其他数据集整合分析。由于源站未提供详细的数据格式、访问链接、分析工具或操作步骤，具体使用方法需参考 Expression Atlas 平台的一般流程。源站未提供关于数据下载、预处理或分析参数的进一步说明。

【质量与限制】

该数据集来自 ebi.ac.uk 的 Expression Atlas，属于经过整理的差异表达实验。物种为 Homo sapiens，样本为 Jurkat 细胞，处理条件明确为 digoxin 或 DMSO。然而，源站未提供关于数据质量评估、重复数、统计显著性阈值、批次效应或技术偏差的具体信息。此外，该数据集仅涉及一种细胞系和两种处理条件，其结论外推到其他细胞类型或体内环境时需谨慎。源站未提供关于数据完整性、覆盖度或潜在局限性的详细说明。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ebi.ac.uk，属于 Expression Atlas 实验。关于具体的引用方式、许可协议、使用条款或版权信息，源站未提供。用户在使用该数据集时，应参考 ebi.ac.uk 或 Expression Atlas 平台的相关规定。源站未提供具体的引用文献、许可类型或数据共享政策。

原始链接

https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-MTAB-5982

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-MTAB-5982

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Expression Atlas experiment (Differential). Species: Homo sapiens. Expression profiling of Jurkat cells infected with HIV-1 and treated with digoxin or DMSO

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别