mitis群链球菌激活秀丽隐杆线虫氧化应激转录因子SKN-1数据集

数据集获取（Figshare）

• 源站标题：The activation of the oxidative stress response transcription factor SKN-1 in <i>Caenorhabditis elegans</i> by mitis group streptococci
• DOI：10.1371/journal.pone.0202233
• 发布日期：2018-08-16
• 文件数：8 个
• 文件总体积：603.74 KB
• 源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/The_activation_of_the_oxidative_stress_response_transcription_factor_SKN-1_in_i_Caenorhabditis_elegans_i_by_mitis_group_streptococci/6976289

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文件清单

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• pone.0202233.s002.xlsx（202.07 KB）
• pone.0202233.s003.pdf（66.30 KB）
• pone.0202233.s004.pdf（65.44 KB）
• pone.0202233.s005.pdf（68.26 KB）
• pone.0202233.s006.pdf（52.94 KB）
• pone.0202233.s007.pdf（69.81 KB）
• pone.0202233.s008.pdf（66.34 KB）

文件总体积 603.74 KB（源站 API 实测）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据说明

缓症链球菌群是遗传多样性丰富的草绿色链球菌群的一员，主要定植于人类口咽部。该群已被证实可在人类中引起多种感染性并发症，包括中性粒细胞减少症患者中的菌血症、眶蜂窝织炎和感染性心内膜炎。过氧化氢（H2O2）已被确定为该群链球菌产生的毒力因子。更重要的是，已有研究表明，口腔链球菌和缓症链球菌通过产生H2O2诱导上皮细胞和巨噬细胞死亡。此前，在秀丽隐杆线虫中已观察到针对口腔链球菌和缓症链球菌的H2O2介导的杀灭作用。遗传可操作的模型生物秀丽隐杆线虫是研究致病机制和应激反应的优良系统。利用该模型，我们观察到除缓症链球菌和口腔链球菌外，戈登链球菌也能通过H2O2介导快速杀灭线虫。此外，我们观察到线虫暴露于戈登链球菌后肠道发生定植，提示涉及类似感染的过程。

针对mitis群产生的H2O2，我们证明线虫体内的氧化应激反应被激活。氧化应激反应转录因子SKN-1对于线虫的存活是必需的，并能提供针对S. gordonii所产生的H2O2的保护作用。我们显示，在感染过程中，H2O2是SKN-1激活所必需的，并且这一激活是通过p38-MAPK通路介导的。在S. gordonii存在的情况下，p38信号通路的激活并非由内质网（ER）跨膜蛋白激酶IRE-1介导。然而，IRE-1对于线虫应对S. gordonii的存活是必需的。这些发现表明，存在一条平行通路感知mitis群产生的H2O2并激活p38的磷酸化。此外，未折叠蛋白反应在感染过程中发挥重要作用。

许可

CC BY 4.0

引用

学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.pone.0202233（source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/The_activation_of_the_oxidative_stress_response_transcription_factor_SKN-1_in_i_Caenorhabditis_elegans_i_by_mitis_group_streptococci/6976289）。