临床器械微生物组细菌多样性数据集
基于16S rRNA和宏基因组NGS技术，研究临床器械微生物组中不可培养的新细菌物种，用于检测设备相关感染病原菌。
基本信息
模态
基因组
创建/更新时间
2026-10-08
资源简介
该数据集包含使用16S rRNA基因序列分析和下一代测序(NGS)对临床侵入性医疗器械微生物组中细菌多样性的研究数据，旨在检测可能引起设备相关性感染但培养阴性的细菌物种，揭示了许多不可培养的新菌种。数据模态为基因组序列。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/ERP127438
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- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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