小鼠肠道微生物组扰动前后（组装与MAGs）
该数据集包含来自常规小鼠粪便颗粒的组装序列与MAGs，样本采集于肠道微生物组扰动之前和之后。数据覆盖小鼠肠道微生物组在扰动前后的变化，涉及抗生素、炎症及艰难梭菌感染等背景
基本信息
资源简介
小鼠肠道微生物组扰动前后（组装与MAGs）
该数据集名为 Mouse gut microbiome pre- and post- perturbation (assemblies and MAGs)，收录了从常规小鼠粪便颗粒中获得的组装序列与宏基因组组装基因组（MAGs），样本分别采集于肠道微生物组扰动之前和之后。数据集在来源站被归类于感染 / 艰难梭菌感染方向，由 Maier, Jessie 与 Kleiner, Manuel 提交，机构为 Dryad，发布时间为 2026 年，采用 Creative Commons Zero v1.0 Universal 许可。其主题标签涵盖生物科学、肠道微生物组、抗生素、炎症以及艰难梭菌感染等关键词。整体而言，该数据集为研究小鼠肠道微生物组在扰动前后的组成与功能变化提供了序列层面的基础资源，尤其适用于涉及抗生素处理、炎症反应及艰难梭菌感染背景的微生物组分析。
【数据集背景】
肠道微生物组在宿主健康与疾病中扮演重要角色，而外源扰动（如抗生素使用、炎症刺激或病原体感染）会显著改变其群落结构与功能。艰难梭菌感染是常见的医院获得性感染之一，常与抗生素导致的肠道菌群紊乱相关。该数据集聚焦于常规小鼠在肠道微生物组扰动前后的粪便样本，旨在通过组装序列与宏基因组组装基因组，刻画扰动前后微生物群落的基因组层面变化。来源站描述指出，这些组装与 MAGs 正是由扰动前和扰动后采集的常规小鼠粪便颗粒生成，为理解微生物组动态提供了直接的数据支撑。
【数据内容】
数据集的核心内容是组装序列（assemblies）与宏基因组组装基因组（MAGs）。这些数据来源于常规小鼠粪便颗粒，覆盖扰动前与扰动后两个时间点。主题标签显示其涉及肠道微生物组、抗生素、炎症以及艰难梭菌感染等背景，说明数据可能用于分析扰动因素对肠道微生物群落的影响。除上述内容外，源站未提供关于组装数量、MAG 数量、基因组完整度、污染率、测序深度或具体扰动方式的更多细节。
【采集与来源】
样本为常规小鼠的粪便颗粒，采集时间分为肠道微生物组扰动之前和之后两个阶段。来源站为 doi.org，机构为 Dryad。作者为 Maier, Jessie 与 Kleiner, Manuel。发布时间为 2026 年。关于小鼠品系、饲养条件、扰动具体操作（如抗生素种类、剂量、给药途径或炎症诱导方式）、样本量及采集地点等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于肠道微生物组研究，尤其是涉及扰动前后比较的分析。具体而言，可用于探索抗生素、炎症及艰难梭菌感染背景下小鼠肠道微生物群落的基因组变化；也可作为宏基因组组装与 MAG 恢复的方法学参考，或用于比较不同扰动条件下微生物基因组特征的差异。此外，对于研究艰难梭菌感染与肠道菌群紊乱关系的科研人员，该数据集可提供扰动前后粪便样本的组装与 MAG 资源。其他潜在应用需结合具体研究问题，源站未提供更多限定。
【使用方法】
使用者可依据 Creative Commons Zero v1.0 Universal 许可自由获取、使用和分发该数据集。由于数据以组装序列和 MAGs 形式提供，典型使用方式包括：对组装序列进行基因预测与功能注释，对 MAGs 进行物种分类、代谢通路重建或比较基因组分析，以及将扰动前后样本的 MAGs 进行差异比较。具体文件格式、目录结构、下载方式及配套分析脚本，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于常规小鼠粪便颗粒生成，样本覆盖扰动前后两个时间点，但源站未提供关于组装质量、MAG 完整度、污染水平、测序深度、覆盖度或重复样本数量的具体指标。因此，使用者在解释结果时需注意缺乏质量评估信息这一限制。此外，扰动方式、小鼠背景及实验条件的详细描述未在来源站给出，可能影响结果的可重复性与跨研究比较。所有未提及的质量参数与限制条件，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集采用 Creative Commons Zero v1.0 Universal 许可，允许在无附加限制的情况下使用、修改和分发。作者为 Maier, Jessie 与 Kleiner, Manuel，机构为 Dryad，发布时间为 2026 年。引用时应按照来源站 doi.org 提供的引用格式进行标注。关于具体引用文本、DOI 编号或推荐引用格式，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.5061/dryad.76hdr7t9b
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 2.26 GB。
数据说明
Assemblies and MAGs generated from conventional mouse fecal pellets collected pre- and post- gut microbiome perturbation.
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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