三种啮齿动物血液中对脂多糖响应的差异表达基因
该数据集来自 search.dataone.org，收录三种啮齿动物在单剂量脂多糖（LPS）诱导炎症后血液中的差异表达基因数据
基本信息
资源简介
三种啮齿动物血液中对脂多糖响应的差异表达基因
该数据集聚焦于三种啮齿动物在单剂量脂多糖（LPS）诱导炎症后，血液中差异表达基因的变化情况。研究涉及白足鼠（Peromyscus leucopus，LL 品系）、家鼠（Mus musculus，远交 CD-1 品系）以及褐家鼠（Rattus norvegicus，Fischer 品系）。通过对受 LPS 挑战的动物血液与对照动物进行比较分析，旨在揭示不同物种对炎症反应的分子差异。该数据集归类于感染性疾病 / 其他，来源于 search.dataone.org，主题标签涵盖炎症、先天免疫系统和血液。整体而言，该数据集为理解啮齿动物作为人畜共患病自然宿主在感染耐受性方面的免疫特性提供了基因表达层面的资源。
【数据集背景】
该数据集的研究背景涉及感染耐受性在啮齿动物中的表现。白足鼠是莱姆病等多种人畜共患病的自然宿主，已有研究表明其表现出显著的抗炎反应，相关成果发表于《An Infection-Tolerant Mammalian Reservoir for Several Zoonotic Agents Broadly Counters the Inflammatory Effects of Endotoxin》（https://doi.org/10.1128/mBio.00588-21）。该研究通过向三种啮齿动物注射单剂量脂多糖（LPS）来诱导炎症，进而分析血液中的基因表达变化。项目及样本描述可参见 NCBI BioProjects：PRJNA975149（针对小鼠和白足鼠）以及 PRJNA9736（原文在此处截断，未提供完整编号）。这一背景为理解不同物种在先天免疫和炎症调控上的差异提供了基础。
【数据内容】
数据集收录的是三种啮齿动物在单剂量 LPS 诱导炎症后，血液中的差异表达基因数据。具体物种包括：白足鼠（LL 品系）、家鼠（CD-1 远交品系）和褐家鼠（Fischer 品系）。数据内容围绕受 LPS 挑战的动物血液与对照动物血液之间的基因表达比较展开，旨在识别差异表达的基因。主题标签包括炎症、先天免疫系统和血液，表明数据与免疫应答和血液学相关。源站未提供关于基因数量、表达倍数变化阈值、测序平台或具体分析方法的进一步细节。
【采集与来源】
数据来源于 search.dataone.org。源站描述指出，研究通过单剂量注射 LPS 诱导炎症，并对三种啮齿动物的血液进行分析。样本描述和项目信息可参考 NCBI BioProjects：PRJNA975149 和 PRJNA9736（后者编号不完整）。源站未提供具体的采集时间、地点、样本量、动物饲养条件或实验操作流程等细节。
【适用场景】
该数据集适用于研究啮齿动物对 LPS 诱导炎症的基因表达响应，特别是比较不同物种（如白足鼠、家鼠和褐家鼠）在感染耐受性和抗炎反应方面的差异。潜在应用包括：探索先天免疫系统的物种特异性调控机制、识别与炎症耐受相关的候选基因、以及为理解人畜共患病自然宿主的免疫特性提供数据支持。主题标签中的炎症、先天免疫系统和血液提示该数据可用于免疫学、感染性疾病和比较基因组学等领域。源站未提供其他具体适用场景。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法，包括数据下载方式、文件格式、分析工具或处理流程。用户需参考 NCBI BioProjects（PRJNA975149 和 PRJNA9736）获取样本和项目描述，但源站未说明如何直接访问或使用该数据集。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量、覆盖度、准确性或限制的详细信息。已知信息仅包括物种、品系、处理方式（单剂量 LPS）和比较设计（受挑战动物 vs 对照）。源站未提供测序深度、重复数、统计方法或潜在偏差等质量相关指标。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用格式或许可信息。源站描述中提及了一篇相关论文（https://doi.org/10.1128/mBio.00588-21）以及 NCBI BioProjects 编号（PRJNA975149 和 PRJNA9736），但未说明数据本身的引用要求或使用许可条款。
下载信息
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使用方式
数据集获取
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- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
通过注射单剂量脂多糖（LPS）诱导炎症，对啮齿动物的感染耐受性进行了研究，涉及白足鼠（Peromyscus leucopus，LL品系），其也是莱姆病的宿主；家鼠（Mus musculus，远交CD-1品种）；以及褐家鼠（Rattus norvegicus，Fischer株）。对受挑战啮齿动物血液中的LPS反应进行了分析，并与对照组动物进行了比较。作为人畜共患病的自然宿主，白足鼠显示出显著的抗炎反应，如“一种对多种人畜共患病原体具有感染耐受性的哺乳动物宿主广泛抵抗内毒素的炎症效应”所述（https://doi.org/10.1128/mBio.00588-21）。该项目及样本描述见以下NCBI BioProjects：PRJNA975149（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA975149），涉及家鼠和白足鼠；以及PRJNA973677（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA973677）。此项目为后续项目，重点在于……白足鼠（10只，雌雄各5只）和家鼠（10只，雌雄各5只）腹腔注射了纯化的E.
大肠杆菌脂多糖（10微克/克体重）。相同数量的动物注射生理盐水并作为对照。在大鼠的独立实验中，研究了5只对照动物、6只接受每克体重5微克LPS的动物和5只接受每克体重20微克LPS的动物。所有动物在注射后4小时被安乐死。每只动物的血液用于提取RNA，并使用Novaseq Illumina技术进一步处理，采用双端化学和150个循环（用于小鼠和鹿鼠）以及100个循环（用于大鼠），每个样本提供约5000万条读数。测序后，使用Genomics Workbench v. 23对读数进行修剪并注释转录本。使用同一套软件和EdgeR方法的修改版评估差异基因表达（DEG）。测序
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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