单细胞转录组揭示Wolbachia多阶段宿主感染轨迹

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A06bf9e8e8d71a868f10d7a004a34b535b74f4862d765a6682a87cbede669c1f6

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为建立持续性感染，胞内细菌共生体必须应对复杂的宿主细胞环境、利用宿主生物学机制并逃避免疫清除，然而其感染的分子机制仍知之甚少。广泛存在于多种节肢动物和线虫中的α-变形菌内共生体Wolbachia pipientis正是这一挑战的典型代表。wMel菌株天然与黑腹果蝇相关联，在转染至蚊种群后，已证明在阻断病毒传播和抑制繁殖的生物防治应用中尤为有效。尽管这些应用取得了成功，但在wMel的天然宿主中，初始感染建立的分子机制仍知之甚少。重要的是，Wolbachia表现出宿主细胞类型偏好性并诱导组织特异性表型，然而批量RNA测序研究在差异表达信号上结果不一致，可能是由于信号平均化所致……我们将感染wMel和未感染的JW18细胞接种于96孔成像板（每孔100 µL）中，培养基为添加10% FBS的Shields和Sang M3（或Schneider’s）培养基。

我们在平行的独立孔中分别标记了溶酶体和线粒体。我们将LysoTracker Red DND-99（Invitrogen，L7528；激发/发射波长577/590 nm）从1 mM储液稀释至50 nM工作浓度，于室温培养基中孵育1.5小时；MitoTracker Deep Red FM（Invitrogen，M22426；激发/发射波长644/665 nm）以250 nM浓度孵育20分钟。我们使用最低有效染料浓度以尽量减少标记伪影。我们在同一培养基中使用NucBlue Live ReadyProbes试剂（Hoechst 33342；Invitrogen，R37605）以每毫升2滴的用量对Wolbachia染色体和果蝇细胞核进行复染。孵育时我们将培养基替换为含染料的培养基，随后去除并在成像前替换为新鲜培养基。我们使用Opera Phenix高内涵筛选系统（PerkinElmer/Revvity）对培养板进行成像。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。