线虫Wolbachia共生起源的基因组学与共享基因分析数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.4nt8m

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数据集大小约 798.6 KB。

数据说明

沃尔巴克氏体（Wolbachia）是立克次体目（Rickettsiales）的内共生细菌，广泛存在于节肢动物中，但也见于线虫。在节肢动物中，A和B超群的沃尔巴克氏体通常与宿主生殖扭曲相关。在丝虫线虫中，包括一些人类寄生虫，多项实验证据表明，C和D超群的沃尔巴克氏体对宿主的生存至关重要，此处的共生关系被认为是互惠互利的。这种互惠内共生的起源出于基础和应用两方面的原因而备受关注：寄生虫如何转变为互利共生者？干预这种互利共生关系能否有助于治疗人类疾病？要解决这个问题，需要对沃尔巴克氏体的关系进行正确的根源定位和高质量解析。然而，由于沃尔巴克氏体与最近的外群之间存在巨大的遗传距离，且迄今为止可用于大规模分析的基因组数量有限，当前系统发育学无法提供可靠的答案。

因此，我们对Litomosoides sigmodontis的D超群Wolbachia内共生菌进行了基因组测序，重新审视了系统发育分析中基因位点的选择，并进行了包含现有完整基因组（来自A、B、C和D超群的分离株）的系统发育分析。利用90个具有可靠系统发育信号的直系同源基因，我们获得了稳健的系统发育重建，其中包括Wolbachia系统发育中一个高度支持的根部，位于(A+B)支系与(C+D)支系之间。尽管我们目前缺乏几个Wolbachia超群的数据，尤其是F超群，但我们的分析支持这样一个模型：Wolbachia与线虫之间推测的互惠内共生关系起源于一次单一的转变事件。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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