慢性丙型肝炎病毒感染中CD8+ T细胞耗竭表型与表位序列变异关联数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA795441

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在慢性丙型肝炎病毒（HCV）感染期间，CD8+ T细胞功能耗竭，经历进行性的表型变化，即抑制性分子如PD-1（程序性细胞死亡蛋白1）和/或Tim-3（T细胞免疫球蛋白及黏蛋白域分子-3）的过度表达。HCV在宿主内的极端遗传多样性是免疫系统逃逸的主要机制，促进了表位逃逸。本研究旨在确定慢性HCV感染中T细胞耗竭表型是否与NS3病毒免疫优势表位的序列库相关。数据集包含来自90例慢性HCV基因1b型感染前瞻性患者的原始NGS fastq读取序列。使用Nextera XT样本制备试剂盒（Illumina）对2223 bp的扩增子进行标记化处理，该扩增子涵盖丙型肝炎病毒的NS3/4a基因（根据H77参考基因组，GenBank：AF009606，nt 3466-5689），覆盖表位NS31073、NS31406和NS31436编码区。测序在MiSeq（Illumina）平台上进行，使用MiSeq Reagent v3试剂盒2x300 bp（Illumina）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。