PRJNA762269：结合基因型与T细胞受体分布推断决定V(D)J重排概率的遗传位点

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA762269

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

每个T细胞受体（TCR） repertoire（库）是由遗传决定的偏倚与免疫暴露共同构成的复杂概率性交织网络所塑造的。T细胞将随机的V(D)J重排过程与选择过程相结合，从而生成高度多样且具有功能的TCR。个体遗传背景与其最终形成的TCR库多样性之间的关联程度尚未得到充分探索。利用此前发表的一个库测序数据集，并结合来自大型人类队列的高分辨率全基因组基因分型数据，我们通过全基因组关联推断，推定了与V(D)J重排概率相关的特定遗传位点。我们发现，V(D)J基因使用谱与TCRB位点的变异相关，并且，对于功能性TCR库而言，还与主要组织相容性复合体位点的变异相关。此外，我们鉴定出编码Artemis蛋白和TdT蛋白的基因中的特定变异分别与连接区核苷酸缺失和N插入的偏倚相关。

这些结果通过证实并扩展先前关于V(D)J基因使用遗传决定因素的研究，并首次提供了与修饰连接多样性相关的反式遗传变异实例，从而 refined 我们对遗传决定的TCR库偏好的理解。这些见解共同为进一步探索个体间免疫反应差异奠定了基础。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。