PRJNA1540214：束缚应激与对照C57BL/6J小鼠分选胸腺CD19+ B细胞的bulk RNA-seq
该数据集来自NCBI BioProject（ID 1540214），为对束缚应激组与对照组C57BL/6J小鼠分选胸腺CD19+ B细胞进行的bulk RNA-seq所产生的原始序列读段
基本信息
资源简介
PRJNA1540214：束缚应激与对照C57BL/6J小鼠分选胸腺CD19+ B细胞的bulk RNA-seq
该数据集为 NCBI BioProject 收录的一项 bulk RNA-seq 项目，编号 1540214，英文名称为“Bulk RNA-seq of sorted thymic CD19+ B cells from restraint-stressed and control C57BL/6J mice”。从名称可知，研究对象为 C57BL/6J 小鼠，取材部位为胸腺，目标细胞为经分选获得的 CD19+ B 细胞，实验分组包括束缚应激组与对照组，所采用的技术路线为 bulk RNA-seq，产出的数据类型为原始序列读段。该数据集在本站归入“免疫系统疾病 / 其他”分类，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，主题标签为“Raw sequence reads”。整体而言，它提供了一个围绕应激条件下胸腺 B 细胞转录组特征展开的高通量测序数据资源。
【数据集背景】
该数据集的源站标题为“ID 1540214 - BioProject - NCBI”，说明其以 BioProject 形式组织与发布。BioProject 是 NCBI 对某一项研究计划相关生物学数据的集合性记录，通常来源于单一机构或联合体，并为用户提供统一入口，以查找该项目所产生的多种数据类型。就本项目而言，其研究背景聚焦于束缚应激与对照条件下 C57BL/6J 小鼠胸腺 CD19+ B 细胞的转录组比较，属于免疫系统相关研究范畴。本站将其归入“免疫系统疾病 / 其他”分类，提示其可能与免疫系统疾病领域存在关联，但具体疾病指向未在现有信息中说明。
【数据内容】
该数据集的核心内容为 bulk RNA-seq 产生的原始序列读段，主题标签明确标注为“Raw sequence reads”。测序对象是经分选获得的胸腺 CD19+ B 细胞，样本来自束缚应激组与对照组 C57BL/6J 小鼠。所谓 bulk RNA-seq，通常是对一群细胞进行整体转录组测序，以获得群体水平的基因表达信息；本数据集即针对分选后的胸腺 CD19+ B 细胞群体开展此类测序。数据以 BioProject 记录的形式组织，用户可通过该记录查找与项目相关的数据链接。除原始序列读段这一数据类型外，源站未提供更细粒度的数据内容说明。
【采集与来源】
数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 1540214。生物样本为 C57BL/6J 小鼠的胸腺 CD19+ B 细胞，实验条件涉及束缚应激与对照两种处理。细胞经过分选后用于 bulk RNA-seq，说明样本在测序前已进行目标细胞富集。关于具体的动物饲养条件、束缚应激方案、分选标记与流程、测序平台、建库方法、读长与测序深度等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集可用于围绕应激与免疫系统相互作用的转录组分析场景，例如比较束缚应激组与对照组小鼠胸腺 CD19+ B 细胞的基因表达差异，或作为免疫系统疾病相关研究中 B 细胞转录组特征的参考数据。由于数据为原始序列读段，适合具备 RNA-seq 数据处理能力的用户进行质控、比对、定量与差异表达等下游分析。此外，该数据也可用于方法学层面的重复性验证或与其他胸腺 B 细胞转录组数据进行比较研究。具体适用场景需结合用户自身研究问题判断，源站未提供推荐用途。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 记录（ID 1540214）访问该项目，并经由记录中的链接查找相关数据。由于主题标签为“Raw sequence reads”，使用该数据通常需要先获取原始读段，再进行序列质控、比对至参考基因组、表达定量及后续统计分析。对于涉及两组比较的设计，可在分析中纳入分组信息以评估束缚应激与对照之间的转录组差异。关于数据下载的具体格式、文件组织方式、是否提供预处理数据或分析流程，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为 BioProject 记录，源站描述仅说明 BioProject 是相关生物学数据的集合，并提供查找多种数据类型的统一入口，未给出该项目的质控指标、测序深度、重复数、批次信息或数据完整性评估。因此，无法依据现有信息判断其数据质量水平。限制方面，现有信息未涵盖样本量、动物数量、实验重复、测序平台与建库细节，也未说明是否包含对照组与应激组的配对信息。用户在使用时应自行进行数据质控与适用性评估。源站未提供关于质量与限制的进一步说明。
【引用与许可】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1540214 - BioProject - NCBI”。关于该数据集的引用方式、许可条款、使用限制或授权信息，源站未提供。用户在使用或再分发数据前，应自行查阅 NCBI BioProject 记录及相关数据页面以确认引用要求与许可条件。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1540214
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
应激是导致免疫系统功能障碍的主要原因之一，并可损伤胸腺基质细胞，导致持续性胸腺功能失衡。胸腺B细胞通过呈递自身抗原，在中枢T细胞耐受的建立中发挥关键作用。然而，应激对胸腺B细胞的影响仍知之甚少。本研究采用C57BL/6J小鼠的束缚应激模型，探究应激诱导的胸腺B细胞转录组改变。制备胸腺单细胞悬液，使用生物素偶联抗体和链霉亲和素偶联磁珠（BD Biosciences）去除CD4+和CD8a+细胞。剩余细胞用抗CD16/32封闭，用抗CD19和7-AAD染色，并使用CytoFLEX SRT细胞分选仪（Beckman Coulter）分选CD19+ B细胞。仅纯度>95%且活力>90%的样本用于下游测序。使用RNeasy Micro Kit（QIAGEN）从三个实验组（对照组、应激3天组和应激7天组，每组n = 3）分选的胸腺B细胞中提取总RNA。
使用TruePrep DNA Library Prep Kit V2 for Illumina（Vazyme）构建测序文库，并在NovaSeq X Plus（Illumina）平台上进行测序。使用HISAT2将reads比对到小鼠参考基因组（mm39），并通过featureCounts生成基因水平的reads计数，以获得原始计数矩阵。该数据集旨在从转录组水平揭示应激对胸腺B细胞的影响。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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