PRJNA1475263：微生物群衍生石胆酸驱动TGR5依赖性巨噬细胞重编程增强宿主对Salmonella防御
该数据集来自NCBI，包含单细胞转录组与表观遗传图谱，用于研究Salmonella Typhimurium感染破坏肠道微生物群依赖性胆汁酸代谢、耗竭石胆酸（LCA）的机制
基本信息
资源简介
PRJNA1475263：微生物群衍生石胆酸驱动TGR5依赖性巨噬细胞重编程增强宿主对Salmonella防御
该数据集来自 NCBI，围绕 Salmonella Typhimurium 感染过程中肠道微生物群依赖性胆汁酸代谢的改变展开，重点关注石胆酸（LCA）耗竭及其补充对宿主防御的影响。数据集包含单细胞转录组与表观遗传图谱，用于揭示 LCA 经由受体 TGR5 诱导巨噬细胞向抗菌状态转变、增强线粒体氧化代谢并重塑染色质可及性以强化抗菌基因程序的机制。这些数据共同定义了控制先天免疫防御的微生物群胆汁酸—TGR5 轴，主题标签为原始序列读段（Raw sequence reads），本站归类于免疫系统疾病 / 其他。
【数据集背景】
Salmonella Typhimurium 感染会破坏肠道微生物群依赖的胆汁酸代谢，导致石胆酸（LCA）耗竭。该数据集所支持的核心发现是：补充 LCA 能够通过重编程巨噬细胞功能增强宿主抵抗力。研究进一步将这一效应归因于 LCA 经由受体 TGR5 发挥作用，诱导巨噬细胞向抗菌状态转变，并伴随线粒体氧化代谢增强与染色质可及性重塑，从而强化抗菌基因程序。这些内容共同勾勒出一条由微生物群胆汁酸与 TGR5 构成的先天免疫防御调控轴。
【数据内容】
数据集包含单细胞转录组与表观遗传图谱两类数据，用于刻画 LCA/TGR5 信号作用下巨噬细胞状态转变、代谢变化与染色质可及性重塑。主题标签为原始序列读段，表明数据以测序读段形式组织。源站描述还指出，数据支持 LCA 补充增强宿主抵抗力的结论，并展示抗菌巨噬细胞状态转变、线粒体氧化代谢增强及染色质可及性重塑强化抗菌基因程序等具体发现。
【采集与来源】
数据集来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），英文名称为“PRJNA1475263: Microbiota-derived lithocholic acid drives TGR5-dependent macrophage reprogramming to enhance host defense against Salmonella”。本站分类为免疫系统疾病 / 其他。其余采集方法、样本来源与实验设计细节源站未提供。
【适用场景】
适用于研究 Salmonella Typhimurium 感染与肠道微生物群胆汁酸代谢之间的关系，特别是石胆酸（LCA）耗竭及补充 LCA 对宿主防御的影响；适用于探讨 LCA 经由 TGR5 受体调控巨噬细胞重编程、抗菌状态转变、线粒体氧化代谢与染色质可及性重塑的机制；也可用于单细胞转录组与表观遗传图谱的整合分析场景。具体分析用途需结合源站数据说明，源站未提供更细化的适用条件。
【使用方法】
源站未提供具体使用方法。使用时应以原始序列读段为基础，结合单细胞转录组与表观遗传图谱的分析流程开展研究；具体流程、参数与工具源站未提供。
【质量与限制】
源站未提供质量评估与限制说明。使用时应注意到数据集描述聚焦于特定感染模型与 LCA/TGR5 轴，其他条件或结论的推广需谨慎，源站未提供相关验证信息。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1475263
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
鼠伤寒沙门菌感染会破坏肠道菌群依赖的胆汁酸代谢，导致石胆酸（LCA）耗竭。该数据集支持以下发现：补充LCA可通过重编程巨噬细胞功能增强宿主抵抗力。数据包括单细胞转录组和表观遗传图谱，显示LCA通过受体TGR5诱导巨噬细胞向抗菌状态转变，增强线粒体氧化代谢并重塑染色质可及性，从而强化抗菌基因程序。这些数据界定了一条控制先天免疫防御的菌群胆汁酸-TGR5轴。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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