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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

低剂量IL-2治疗自身免疫及自身炎症性疾病患者纯化Treg与Teff细胞的纵向RNA-seq分析

PRJNA1457504 是一个来自 NCBI BioProject 数据库的公开项目记录，全称为“Longitudinal RNA-seq profiling of purified Treg and Teff cells in patients with autoimmune and autoinflammatory diseases treated with low-dose IL-2”。该项目聚焦于接受低剂量 IL-2 治疗的自身免疫及自身炎症性疾病患者，对其体内纯化的调节性 T 细胞（Treg）与效应 T 细胞（Teff）进行纵向 RNA-seq 转录组测序分析。项目归类于免疫系统疾病 / 其他方向，主题标签为“Raw sequence reads”，表明其核心数据形式为原始测序读长。BioProject 作为单一研究倡议下生物数据的集合入口，将该项目产生的不同类型数据链接汇聚于一处，便于用户集中检索与获取。整体而言，该数据集为研究低剂量 IL-2 干预下自身免疫及自身炎症性疾病患者 T 细胞亚群的转录动态提供了原始测序层面的资源。

【数据集背景】

自身免疫及自身炎症性疾病涉及免疫耐受破坏与异常炎症反应，Treg 与 Teff 细胞的平衡在其中扮演关键角色。低剂量 IL-2 治疗旨在调节 T 细胞免疫应答，尤其是增强 Treg 的功能与数量。在此背景下，对患者体内纯化的 Treg 与 Teff 细胞进行纵向 RNA-seq 分析，有助于在转录水平观察治疗过程中两类细胞的变化趋势。该 BioProject 记录正是围绕这一研究目标而建立，归属于免疫系统疾病 / 其他分类，来源于 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 的设计初衷是汇集与单一研究倡议相关的生物数据，这些数据可来自单一组织或联合体，并为用户提供查找该项目所生成各类数据的统一入口。

【数据内容】

该数据集的核心内容为 RNA-seq 测序产生的原始序列读长，主题标签明确指向“Raw sequence reads”。研究对象为接受低剂量 IL-2 治疗的自身免疫及自身炎症性疾病患者，样本类型为纯化的 Treg 与 Teff 细胞，并采用纵向采样策略，即在治疗过程中多个时间点采集样本进行测序。纵向设计使得数据能够反映同一患者体内两类 T 细胞亚群在治疗进程中的转录组变化，而非仅提供单一时间点的横截面信息。除原始序列读长外，源站未提供关于具体样本数量、测序深度、读长长度、比对率、表达矩阵或差异表达分析结果等更细粒度的数据描述。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，以 BioProject 记录形式发布，项目 ID 为 1457504。BioProject 记录本身不直接存储所有原始数据文件，而是提供指向该项目所生成的不同数据类型的位置链接。根据源站描述，BioProject 可源自单一组织或联合体，用于汇集与单一研究倡议相关的生物数据。该项目的具体样本采集地点、患者招募标准、伦理审批信息、测序平台型号及试剂来源等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于免疫学、转录组学及自身免疫疾病相关研究。具体而言，可用于分析低剂量 IL-2 治疗背景下 Treg 与 Teff 细胞的纵向转录组特征，探索两类细胞在治疗过程中的基因表达动态，或作为自身免疫及自身炎症性疾病中 T 细胞亚群研究的原始数据资源。由于数据以原始序列读长形式提供，适合具备 RNA-seq 数据处理能力的用户进行二次分析，例如重新比对、定量和差异表达分析。该数据也可用于方法学比较或与其他类似项目的整合分析，但需注意其疾病背景与治疗条件的特异性。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该记录，项目 ID 为 1457504，英文标题为“Longitudinal RNA-seq profiling of purified Treg and Teff cells in patients with autoimmune and autoinflammatory diseases treated with low-dose IL-2”。BioProject 记录提供指向该项目所生成的不同数据类型的位置链接，用户可据此定位原始序列读长数据。典型使用流程包括：下载原始测序读长，进行质量控制、比对或定量，进而开展转录组层面的比较分析。由于涉及纵向样本，分析时需考虑患者个体内重复测量与时间点因素。源站未提供具体的下载工具、数据格式、文件大小或分析流程建议。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 记录，主题标签为“Raw sequence reads”，表明其提供的是原始测序读长，而非经过完整处理与注释的表达矩阵或分析结果。用户需自行完成后续数据处理与质控。源站未提供关于数据质量指标、样本量、测序深度、覆盖度、批次效应或缺失值等方面的具体信息。此外，该项目的疾病类型涵盖自身免疫及自身炎症性疾病，治疗背景为低剂量 IL-2，因此结论外推至其他疾病或治疗条件时需谨慎。源站未提供关于数据限制的更多说明。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目 ID 为 1457504。源站未提供具体的引用格式、作者列表、发表文献或数据使用许可条款。用户在使用该数据集时，应参考 NCBI BioProject 记录页面所附的官方引用与许可信息。源站未提供关于许可类型、使用限制或商业用途的进一步说明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1457504

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1457504

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究报道了TRANSREG临床试验中，接受低剂量IL-2治疗的自身免疫性和自身炎症性疾病患者纯化调节性T细胞（Tregs）和效应T细胞（Teffs）的纵向RNA-seq分析。在治疗开始后的基线、第8天和第3个月收集外周血样本。该数据集旨在描述治疗诱导的T细胞亚群转录组变化，并识别与临床反应相关的分子特征，特别关注干扰素刺激基因和IL-2相关调控通路。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别