韩国干燥综合征患者唾液微生物组全长16S测序数据集

该数据集来自 NCBI,提供韩国干燥综合征(SjD)患者唾液微生物组的全长 16S rRNA 基因测序数据。其目标是研究疾病相关微生物组、识别潜在关键微生物物种,并评估唾液微生物群落与多种临床参数之间的关系

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基因组分类Raw sequence reads
PRJNA1445968: 16S full length sequencing of the salivary microbiome in Korean patients with Sjogren's disease (SjD)

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

韩国干燥综合征患者唾液微生物组全长16S测序数据集

PRJNA1445968 数据集来自 NCBI,聚焦韩国干燥综合征(SjD)患者的唾液微生物组,提供全长 16S rRNA 基因测序数据。该数据集旨在研究疾病相关微生物组、识别潜在关键微生物物种,并评估唾液微生物群落与多种临床参数之间的关系。借助全长 16S 测序,该数据集可获得物种级分类分辨率,用于准确揭示 SjD 患者唾液微环境的结构、功能与生态特征。数据集归类于免疫系统疾病 / 其他,主题标签为原始测序读长(Raw sequence reads),可为口腔微生物组与自身免疫性疾病关联研究提供基础数据资源。

【数据集背景】

干燥综合征(SjD)是一种与免疫系统相关的疾病,其发生发展可能涉及口腔微环境的变化。唾液微生物组作为口腔微环境的重要组成部分,与宿主免疫状态和临床表型之间可能存在关联。该数据集以韩国 SjD 患者为研究对象,通过全长 16S rRNA 基因测序,对唾液微生物组进行物种级解析,以支持疾病相关微生物组的深入研究。其核心目标包括:研究疾病相关微生物组、识别潜在关键微生物物种,并评估唾液微生物群落与多种临床参数之间的关系。该数据集所属分类为免疫系统疾病 / 其他,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。

【数据内容】

该数据集提供的是唾液微生物组的全长 16S rRNA 基因测序数据,主题标签为原始测序读长(Raw sequence reads)。与常规短片段 16S 测序相比,全长 16S 测序能够提供物种级分类分辨率,从而更准确地揭示唾液微环境中微生物群落的结构、功能和生态特征。数据内容围绕韩国 SjD 患者的唾液样本展开,可用于分析疾病相关微生物组的组成与潜在关键微生物物种。关于样本数量、测序平台、读长分布、数据量大小等具体指标,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,数据集英文名称为 PRJNA1445968: 16S full length sequencing of the salivary microbiome in Korean patients with Sjogren's disease (SjD)。研究对象为韩国干燥综合征(SjD)患者,样本类型为唾液,采集内容为唾液微生物组。关于具体的采样地点、采样时间、纳入与排除标准、伦理审批信息以及样本采集流程等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于唾液微生物组与干燥综合征(SjD)相关的研究场景,包括:研究疾病相关微生物组、识别潜在关键微生物物种、评估唾液微生物群落与多种临床参数之间的关系,以及利用全长 16S 测序的物种级分类分辨率,分析 SjD 患者唾液微环境的结构、功能和生态特征。此外,该数据集也可作为口腔微生物组与免疫系统疾病关联研究的参考数据。关于具体的分析流程、统计方法或临床参数类型,源站未提供。

【使用方法】

该数据集以原始测序读长(Raw sequence reads)形式提供,使用者可根据研究目的进行微生物组分析。由于数据为全长 16S rRNA 基因测序数据,分析时可采用适用于全长 16S 的序列质控、去噪、物种分类注释和多样性分析等方法。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析软件推荐或处理参数,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集采用全长 16S rRNA 基因测序,能够提供物种级分类分辨率,有助于准确揭示唾液微生物群落的结构、功能与生态特征。其研究对象为韩国 SjD 患者,研究目标明确,包括研究疾病相关微生物组、识别潜在关键微生物物种以及评估唾液微生物群落与多种临床参数之间的关系。关于数据质量评分、测序深度、覆盖度、批次效应、样本量限制或验证情况等,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,数据集英文名称为 PRJNA1445968: 16S full length sequencing of the salivary microbiome in Korean patients with Sjogren's disease (SjD)。关于具体的引用格式、许可协议、使用限制或数据共享政策,源站未提供。

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源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1445968

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目提供了韩国干燥综合征(SjD)患者唾液微生物组的全长16S rRNA基因测序数据。主要目标是探究与疾病相关的微生物组,识别潜在的基石微生物物种,并评估唾液微生物群落与各种临床参数之间的关系。通过利用全长16S测序,该数据集提供了物种水平的分类分辨率,以准确揭示SjD患者唾液微环境的结构、功能和生态特征。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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