PRJNA1423310：免疫激活可变剪接的高分辨率分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1423310

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

感染性病毒复制所需时间仅为宿主细胞分裂所需时间的一小部分。脊椎动物宿主进化出了一套动态的抗病毒程序——干扰素反应，用以对抗病毒复制。对病毒基序的识别会触发一个转录程序，迅速改变细胞基因的表达，以对抗感染并阻碍病毒传播。病毒感染后的基因表达谱分析鉴定出约1，000个受干扰素调控的基因。然而，这种转录组谱分析方法的缺陷在于忽略了可变剪接，这在我们理解中留下了巨大空白，我们将通过长读长测序来填补这一空白。此前我们已经证明，剪接异构体变异可控制流感病毒。ANP32A是被流感病毒聚合酶劫持的关键激活因子，其转录本存在可变剪接。在流感宿主中，ANP32A最活跃异构体的普遍性与物种支持病毒感染的能力相关（Baker et al. 2018, Cell Reports）。

我们还使用了基于Illumina的测序技术来绘制干扰素刺激或流感感染期间宿主转录变化图谱（2x150双端读长，每样本3500-5500万读长）（Baker等，2022年，《PLoS Biology》；BioProject PRJNA667475）。这些数据揭示了数百个潜在的可变剪接外显子。该数据集使用相同的RNA样本来生成替代转录组的Iso-Seq支架。随后，我们可以利用短读长测序数据定量测试抗病毒替代剪接的全基因组变异。这将有助于揭示替代剪接在抗病毒反应中的程度和作用，这是动态宿主-病毒界面中目前研究不足且重要的一个方面。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。