克氏原螯虾五月病期间肠道转录组
该数据集为克氏原螯虾(Procambarus clarkii)在五月病(May Syndrome)高风险期的肠道转录组数据,采样时间覆盖4月至5月的四个关键时间点,代表不同生理状态

基本信息
资源简介
克氏原螯虾五月病期间肠道转录组
该数据集为克氏原螯虾(Procambarus clarkii)在五月病(May Syndrome)高风险期的肠道转录组数据,采样时间覆盖4月至5月的四个关键时间点,代表不同生理状态。五月病是克氏原螯虾养殖中一种季节性健康问题,该数据集通过RNA-seq对肠道样本进行转录组分析,旨在刻画与免疫调控、环境应激响应及肠道稳态相关的基因表达变化,为理解五月病期间疾病易感性与应激适应的分子机制提供数据基础。数据集归类于免疫系统疾病/其他方向,主题标签为原始序列读段(Raw sequence reads),来源于NCBI站点。
【数据集背景】
克氏原螯虾养殖中,五月病是一种季节性健康问题,其高发期对养殖生产构成风险。该数据集聚焦于这一高风险期内克氏原螯虾肠道的转录组变化,试图从基因表达层面揭示疾病易感性与应激适应背后的分子机制。研究关注的核心生物学过程包括免疫调控、环境应激响应以及肠道稳态,这些过程与虾体在特定季节窗口内的健康状况密切相关。
【数据内容】
该数据集为肠道转录组数据,通过RNA-seq技术获得,用于分析基因表达变化。其主题标签为原始序列读段(Raw sequence reads),即数据以测序读段形式提供。数据覆盖4月至5月的四个关键时间点,这些时间点代表不同的生理状态,可用于比较不同状态下基因表达的差异。数据内容涉及与免疫调控、环境应激响应和肠道稳态相关的表达谱信息。
【采集与来源】
样本为克氏原螯虾的肠道组织,采集时间覆盖4月至5月的四个关键时间点。数据来源于NCBI站点,项目英文名称为“PRJNA1263680: Intestinal transcriptome of Procambarus clarkii during the BMD period”。源站描述指出,该项目针对五月病高风险期开展肠道转录组分析,采样时间点代表不同生理状态。
【适用场景】
该数据集适用于研究克氏原螯虾在五月病高风险期的分子响应机制,包括免疫调控、环境应激响应和肠道稳态相关基因表达变化。可用于探索疾病易感性与应激适应的转录组基础,也可作为甲壳类水产养殖中季节性健康问题研究的参考数据。其原始序列读段形式适合进行转录组层面的表达分析与差异比较。
【使用方法】
源站未提供。
【质量与限制】
源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1263680
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本项目聚焦于克氏原螯虾在五月瘟高风险期的肠道转录组分析,五月瘟是克氏原螯虾养殖中的一种季节性健康问题。于4月至5月四个关键时间点采集肠道样本,代表不同的生理状态。通过RNA-seq分析,描绘了与免疫调控、环境应激响应及肠道稳态相关的基因表达变化。该数据集为理解五月瘟期间疾病易感性和应激适应的分子机制提供了见解。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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