PRJNA1251117：耗竭CD8 T细胞亚群的ATAC测序
该数据集为PRJNA1251117，来源于NCBI，包含耗竭CD8 T细胞亚群的ATAC测序原始序列reads。耗竭T细胞是慢性抗原暴露诱导的抗原反应性CD8+ T细胞异质性群体，其中T progenitor exhausted（TPEX）与terminally exhausted（TEX）细胞基因
基本信息
资源简介
PRJNA1251117：耗竭CD8 T细胞亚群的ATAC测序
PRJNA1251117 是一项聚焦于耗竭 CD8 T 细胞亚群染色质可及性的 ATAC 测序数据集，来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），在本站归类于免疫系统疾病 / 其他。该数据集以原始序列 reads 为核心内容，旨在从全基因组层面刻画两类耗竭 CD8 T 细胞亚群——T progenitor exhausted（TPEX）与 terminally exhausted（TEX）——在染色质可及性上的差异。耗竭 T 细胞是慢性抗原暴露所诱导的抗原反应性 CD8+ T 细胞的异质性群体，两类亚群虽已知基因表达谱不同，但其染色质可及性差异此前尚未被充分阐明，本数据集正是针对这一问题而产生。
【数据集背景】
耗竭 T 细胞是慢性抗原暴露条件下产生的一群抗原反应性 CD8+ T 细胞，具有明显的异质性。在这一群体中，T progenitor exhausted（TPEX）细胞与 terminally exhausted（TEX）细胞代表两种不同的状态，二者在基因表达谱上表现出各自的特征。尽管基因表达层面的差异已有认识，但这些亚群在染色质可及性层面如何不同，仍未被完全界定。该数据集以全基因组染色质可及性为切入点，对 TPEX 与 TEX 之间的差异进行探测，为理解耗竭 CD8 T 细胞亚群状态差异提供了表观遗传层面的数据基础。
【数据内容】
该数据集的主题标签为 Raw sequence reads，即包含 ATAC 测序产生的原始序列 reads。数据内容围绕耗竭 CD8 T 细胞亚群的 ATAC 测序展开，覆盖 TPEX 与 TEX 两类细胞亚群，用于在全基因组范围内比较其染色质可及性。数据所对应的生物学问题明确：在基因表达谱差异之外，两类耗竭亚群在染色质开放程度上是否存在系统性差异。样本数量、测序深度、reads 长度、数据体积等具体指标源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），数据集英文名称为 PRJNA1251117: ATAC sequencing of exhausted CD8 T cell subsets。其原始描述指出，该数据用于 interrogate 全基因组范围内 TPEX 与 TEX 的染色质可及性差异。关于样本的具体采集组织、细胞分选方案、供体信息、实验批次等细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究耗竭 CD8 T 细胞亚群的染色质可及性差异，可用于比较 TPEX 与 TEX 在基因组范围内的开放区域分布，进而与已知的基因表达谱差异相对照，探索调控层面的解释。其原始序列 reads 形式也适合作为 ATAC 测序分析流程的输入，用于染色质开放区域的识别与亚群间差异分析。此外，对于关注慢性抗原暴露下 T 细胞异质性与耗竭状态的研究，该数据集可作为表观遗传层面的参考数据。具体分析目标与适用范围应结合源站描述界定，源站未提供额外的应用说明。
【使用方法】
该数据集以原始序列 reads 形式提供，使用时应按照 ATAC 测序数据的常规处理思路进行，包括序列质控、比对、染色质开放区域识别以及亚群间差异可及性分析等步骤。由于数据主题标签为 Raw sequence reads，使用者需自行完成从原始 reads 到可及性信号的处理流程。关于数据下载方式、文件组织、配套分析脚本或处理参数等，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为原始序列 reads，未提供经过处理的信号文件或差异分析结果，使用者需自行承担质控与处理环节。数据仅涉及 TPEX 与 TEX 两类亚群的染色质可及性比较，样本规模、重复设置、测序质量指标等信息源站未提供，因而难以在数据层面直接评估其统计效力与批次效应。使用时应结合源站描述理解其研究范围，避免超出数据本身所能支持的结论。
【引用与许可】
该数据集来源于 NCBI，数据集标识为 PRJNA1251117。关于引用方式、许可条款与使用限制，源站未提供。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1251117
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
耗竭T细胞是由慢性抗原暴露引发的一群异质性抗原反应性CD8+ T细胞。T祖耗竭（TPEX）细胞和终末耗竭（TEX）细胞表现出不同的基因表达谱，但它们的染色质可及性谱如何不同仍不完全清楚。本数据集探究了TPEX和TEX在全基因组染色质可及性上的差异。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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