克氏锥虫感染小鼠滤泡细胞毒性CD8+ T细胞RNA测序数据集

该数据集包含感染克氏锥虫18天后小鼠脾脏中滤泡型(Tfc)与非滤泡型(Non-Tfc)CD8+ T细胞的RNA测序数据,旨在刻画急性感染期这两类免疫细胞亚群的转录谱特征,为理解其在免疫应答中的功能角色提供线索

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基因组分类Raw sequence reads
PRJNA1234210: RNA sequencing of Follicular Cytotoxic CD8+ T Cells from Trypanosoma cruzi-infected mice

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

克氏锥虫感染小鼠滤泡细胞毒性CD8+ T细胞RNA测序数据集

PRJNA1234210 数据集收录的是感染克氏锥虫(Trypanosoma cruzi)小鼠的滤泡型 CD8+ T 细胞 RNA 测序数据。该数据集聚焦于感染后 18 天小鼠脾脏中的两类 CD8+ T 细胞亚群——滤泡型(Tfc)与非滤泡型(Non-Tfc),通过转录组测序刻画其在急性感染期的转录谱特征。作为免疫系统疾病领域的测序资源,它以原始序列读段(Raw sequence reads)的形式提供,可供研究者考察急性期克氏锥虫感染背景下这两类细胞亚群的功能角色与免疫应答特征,为相关免疫学研究提供原始数据基础。

【数据集背景】

克氏锥虫感染会引发宿主强烈的免疫应答,CD8+ T 细胞在其中扮演重要角色。滤泡型 CD8+ T 细胞(Tfc)是近年来受到关注的 CD8+ T 细胞亚群,其与非滤泡型(Non-Tfc)CD8+ T 细胞在表型与功能上存在差异。该数据集正是围绕感染后急性期这一时间窗口,针对小鼠脾脏中上述两类细胞亚群开展 RNA 测序,目的是在转录水平上刻画它们的特征,从而为理解其在感染免疫应答中的功能分工提供依据。数据集所属分类为免疫系统疾病 / 其他,主题标签为原始序列读段。

【数据内容】

数据集的核心内容是 RNA 测序产生的原始序列读段。测序对象为从感染克氏锥虫小鼠脾脏中分离的滤泡型(Tfc)与非滤泡型(Non-Tfc)CD8+ T 细胞,取样时间点为感染后 18 天。数据覆盖这两类细胞亚群的转录组信息,可用于比较二者在急性感染期的转录谱差异。关于样本数量、测序平台、读段长度、数据量等具体技术参数,源站未提供。

【采集与来源】

数据来源于 NCBI(ncbi.nlm.nih.gov)。样本采集自感染克氏锥虫的小鼠,取材部位为脾脏,取材时间为感染后 18 天,所分离的细胞为 CD8+ T 细胞中的滤泡型与非滤泡型两个亚群。关于小鼠品系、感染剂量与途径、细胞分选方法、测序建库策略等实验细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于急性克氏锥虫感染背景下 CD8+ T 细胞亚群转录特征的研究,可用于比较滤泡型与非滤泡型 CD8+ T 细胞的基因表达谱,探索二者在感染免疫应答中的潜在功能差异;也可作为免疫系统疾病相关研究中 CD8+ T 细胞亚群分析的原始数据来源,或用于与其他感染模型、其他时间点的转录组数据开展对照分析。具体分析方向需结合研究者自身设计。

【使用方法】

使用者可基于原始序列读段开展常规转录组分析流程,包括读段质控、比对或定量、差异表达分析以及亚群间比较等。由于数据以原始读段形式提供,需先完成预处理才能进入表达层面的分析。关于参考基因组版本、推荐分析软件与参数等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为原始序列读段,未提供预处理后的表达矩阵或质控报告,使用前需自行完成质控与比对。数据仅覆盖感染后 18 天这一单一时间点,且仅涉及小鼠脾脏来源的 Tfc 与 Non-Tfc 两类 CD8+ T 细胞,样本规模与技术重复情况源站未提供,因此结论的外推范围需谨慎评估。此外,关于测序深度、批次信息与潜在技术偏倚,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI,编号为 PRJNA1234210。关于具体的引用文献、作者信息以及数据使用许可条款,源站未提供,使用与再分发前应向源站核实相关要求。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1234210

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含感染克氏锥虫后第18天从小鼠脾脏中分离的滤泡型(Tfc)和非滤泡型(Non-Tfc)CD8+ T细胞的RNA测序数据。本研究旨在表征感染急性期这些免疫细胞亚群的转录谱,为理解它们在免疫应答中的功能作用提供见解。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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