PRJNA1196652:人腹主动脉瘤 RNA-Seq 数据集

该数据集为 NCBI BioProject 编号 PRJNA1196652 的人腹主动脉瘤 RNA-Seq 数据,主题标签为 Raw sequence reads,本站归类于免疫系统疾病下的其他类别

sra
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基因组分类Raw sequence reads
PRJNA1196652: Human abdominal aortic aneurysm RNA-Seq Dataset

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1196652:人腹主动脉瘤 RNA-Seq 数据集

PRJNA1196652 是一个以人类腹主动脉瘤为研究对象的 RNA-Seq 数据集,收录于 NCBI 的 BioProject 数据库,源站标题为“ID 1196652 - BioProject - NCBI”。该数据集的主题标签为 Raw sequence reads,表明其核心内容为原始测序读段。在本站分类体系中,它被归入免疫系统疾病下的“其他”类别。腹主动脉瘤是一种与血管壁结构退变和免疫炎症过程相关的疾病,因此该数据集可用于从转录组层面观察相关样本的基因表达情况。整体而言,该数据集为研究者提供了一个可检索、可链接的 BioProject 记录入口,便于获取与该项目相关的原始序列数据。

【数据集背景】

BioProject 是 NCBI 提供的一种项目级数据组织方式,用于汇集与某一项研究计划相关的多种生物数据。按照源站描述,一个 BioProject 通常源自单一机构或联合体,其记录为用户提供一个统一入口,以便找到该项目所产生的不同类型数据。PRJNA1196652 即属于此类项目记录,其英文名称为“Human abdominal aortic aneurysm RNA-Seq Dataset”,直接指向人类腹主动脉瘤的 RNA-Seq 研究。该数据集在本站被归类于免疫系统疾病下的“其他”类别,说明其主题与免疫系统疾病相关,但未进一步细分至更具体的疾病子类。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”,即原始序列读段。这意味着数据集的主要内容形式是测序仪产出的原始读段,而非经过完整处理、注释或汇总后的表达矩阵或差异分析结果。数据集英文名称中包含“RNA-Seq”,说明这些原始读段来自 RNA 测序实验。关于样本数量、测序平台、读长、测序深度、组织类型、分组设计等具体信息,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为“ID 1196652 - BioProject - NCBI”。其 BioProject 编号为 PRJNA1196652。根据源站对 BioProject 的一般性描述,该项目记录可链接到由该项目产生的多种数据类型。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、受试者人口学特征、临床信息等,源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签和名称,该数据集适用于需要获取人类腹主动脉瘤 RNA-Seq 原始序列读段的研究场景。例如,研究者可将其用于转录组数据的重新分析、表达定量、可变剪接分析、融合基因探索或与其他公开 RNA-Seq 数据集的整合分析。由于本站将其归类于免疫系统疾病下的“其他”类别,它也可能被用于与免疫炎症机制相关的探索性研究。但具体适用性取决于样本设计、测序质量和元数据完整度,而这些信息源站未提供。

【使用方法】

使用者可通过 NCBI BioProject 数据库中的编号 PRJNA1196652 定位该记录,并经由项目记录中的链接访问其关联的原始序列读段数据。由于主题标签为“Raw sequence reads”,通常需要先进行质量控制、接头去除、比对或定量等处理步骤,才能获得可用于下游分析的表达信息。关于具体的下载方式、文件格式、数据量以及是否提供预处理数据,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 记录,提供的是项目级入口和原始序列读段标签。关于测序质量、读段长度、覆盖度、样本重复数、批次效应、污染情况等质量相关指标,源站未提供。此外,该数据集在本站分类中属于“免疫系统疾病 / 其他”,未给出更细的疾病亚型或实验条件说明。因此,使用者在缺乏额外元数据的情况下,可能难以直接判断其是否适合特定研究问题。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制或数据共享政策,源站未提供。使用者应参考 NCBI BioProject 记录页面及其关联数据页面中可能列出的引用要求和条款。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1196652

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为分析人健康主动脉与腹主动脉瘤之间的转录组差异,识别差异表达基因及相关通路。腹主动脉瘤的发病机制仍知之甚少。RNA-Seq为揭示炎症和免疫相关机制提供了一种全面方法,并提供了潜在的诊断和治疗靶点。共鉴定出4,327个差异表达基因,其中2,473个上调,1,854个下调。上调基因与中性粒细胞活化、炎症反应和铁代谢密切相关,包括S100A8、IL6等关键基因,以及

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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