HORUS项目流式细胞术分析数据集元数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.20627456

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 20.0 KB。

数据说明

这是HORUS项目内生成的数据集的元数据记录，该数据集包含流式细胞术数据，用于表征实体器官移植（SOT）受者中免疫细胞群体及其功能状态。该数据集的目标是研究与人巨细胞病毒（CMV）感染相关的免疫应答，尤其侧重于识别CMV再激活和疾病进展的预测性免疫学标志物。该数据集基于使用光谱流式细胞术对T细胞和自然杀伤（NK）细胞群体进行的深度免疫表型分析。使用五个互补panel分析细胞外和细胞内标志物，包括多种免疫细胞亚群（例如αβ T细胞、γδ T细胞、NK细胞）中的活化、耗竭、细胞毒性和转录因子谱。样本经过刺激、染色、固定和采集处理，使用Cytek Aurora光谱流式细胞仪，并对选定样本进行平行功能检测（例如T-SPOT CMV）。该数据集由流式细胞术标准（.fcs）和T-SPOT CMV（.xlsx）文件以及描述样本和实验条件的相关元数据组成。

由于实验设计和数据结构的复杂性，我们提供了详细的文档（README）以支持解读和复用。鉴于数据集规模庞大（约400 GB）且包含源自人类生物样本的数据，完整数据集不公开开放获取。数据已进行假名化处理，并受GDPR及伦理限制约束。数据集的访问需在受控条件下进行。经合理请求并用于研究目的时，可共享数据，但须满足以下条件：1. 对请求进行科学评估，2. 获得HORUS联盟批准，3. 遵守适用的法律、伦理及数据保护要求。数据安全存储于CREDIM基础设施（波尔多大学）内。本Zenodo记录提供元数据及文档

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。