新生儿脓毒症应答中的先天免疫训练

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE276868

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

新生儿，尤其是早产儿，对感染所致的死亡高度易感。大量针对新生儿的观察性研究和免疫学研究显示，减毒活疫苗对无关病原体引起的继发感染具有有益的非特异性效应（NSEs）。这些有益效应被归因于训练免疫，其中应急性粒细胞生成发挥重要作用。然而，训练免疫已被证明会影响多个髓系亚群，且训练免疫影响宿主保护性反应的多样性机制仍不明确。本研究表明，卡介苗（BCG）接种通过同时重编程髓系生成的广泛方面，改善多微生物脓毒症所致的死亡率。具体而言，BCG导致多个髓系亚群扩增，包括LSK细胞和GMP，并增加CD11b+GR1+细胞数量，以及其氧化代谢和对脓毒症应答时刺激T细胞增殖的能力。

对新生儿脾脏中所含细胞进行的单细胞RNA测序（scRNA-seq）表明，BCG疫苗接种改变了多个髓系亚群的广泛转录景观，促进各种中性粒细胞和单核细胞亚群的成熟，并刺激抗菌过程，同时抑制炎症通路和髓系来源抑制细胞（MDSC）的转录。这些发现揭示，出生后早期给予BCG从根本上重组了髓系景观，有利于随后对多种微生物感染的反应。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。