GSE19946：Vibrio cholerae T6SS 感染小鼠模型
为确定 Vibrio cholerae VI 型分泌系统（T6SS）在动物感染过程中是否具有功能，使用 V52 的衍生株感染婴儿小鼠
基本信息
资源简介
GSE19946：Vibrio cholerae T6SS 感染小鼠模型
GSE19946 数据集围绕霍乱弧菌（Vibrio cholerae）VI 型分泌系统（T6SS）在动物感染过程中的功能展开。为判断该系统在感染期间是否具有活性，研究者使用 V52 的衍生株感染婴儿小鼠，并在该感染模型中观察到腹泻反应以及效应物易位的可检测信号。这些宿主反应依赖于功能完整的 T6SS，也依赖于 VgrG-1 的肌动蛋白交联效应结构域。基因表达与组织学研究进一步显示，肠腔内出现先天免疫激活和免疫细胞浸润。该数据集在本站归入免疫系统疾病 / 其他类别，来源站为 synapse.org，可为研究霍乱弧菌感染中的分泌系统功能与宿主先天免疫应答提供相关数据基础。
【数据集背景】
霍乱弧菌是引起腹泻性疾病的重要病原体，其致病过程涉及多种分泌系统与宿主细胞的相互作用。VI 型分泌系统（T6SS）是细菌向靶细胞递送效应蛋白的重要机制之一，但其在动物感染过程中是否真正发挥功能，需要通过体内感染模型加以验证。GSE19946 所对应的研究正是围绕这一问题设计：以 V52 衍生株感染婴儿小鼠，观察感染后的宿主反应，并检验这些反应与 T6SS 功能及其效应结构域之间的关系。该背景决定了数据集的核心关注点在于感染过程中的细菌分泌系统活性与宿主肠道免疫反应。
【数据内容】
该数据集涉及婴儿小鼠感染模型中的基因表达与组织学相关研究内容。源站描述指出，研究检测了腹泻反应和效应物易位，并分析了宿主反应对功能性 T6SS 以及 VgrG-1 肌动蛋白交联效应结构域的依赖性。基因表达和组织学研究用于揭示肠腔内的先天免疫激活与免疫细胞浸润。除上述方向性描述外，源站未提供具体的样本数量、分组设计、检测平台、基因列表或组织学指标等细节。
【采集与来源】
数据来源于 synapse.org。研究采用 V52 衍生株感染婴儿小鼠的动物感染模型，在该模型中观察腹泻反应并检测效应物易位，同时结合基因表达与组织学方法分析宿主肠道反应。关于样本采集时间点、组织部位的具体取样方案、测序或芯片平台信息以及原始数据文件构成，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究与霍乱弧菌 VI 型分泌系统相关的感染生物学问题，例如评估 T6SS 在动物感染过程中的功能、探讨 VgrG-1 效应结构域对宿主反应的作用，以及分析感染后肠道先天免疫激活与免疫细胞浸润相关的基因表达变化。也可作为细菌分泌系统与宿主免疫相互作用研究的参考数据。由于源站未提供平台与样本细节，具体分析场景的适配性需结合原始数据进一步确认。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用说明，包括数据下载方式、预处理流程、标准化方法或推荐的分析工具。使用者需依据来源站 synapse.org 的相应数据页面获取进一步信息。
【质量与限制】
源站未提供该数据集的质量评估信息，如样本重复数、数据完整性、批次效应或质控指标。该数据集基于婴儿小鼠感染模型，相关结论的外推范围受模型本身限制；源站描述集中于 T6SS 功能与宿主反应的验证，未提供其他物种或临床样本的验证信息。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可条款信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
需登录公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
暂未开放有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://synapse.org/Synapse:syn209048
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
为确定霍乱弧菌VI型分泌系统（T6SS）在动物感染过程中是否具有功能，研究使用了V52的衍生菌株感染幼鼠。在此感染模型中，出现了腹泻反应，并可检测到效应分子的转位。这些宿主反应依赖于功能性的T6SS以及VgrG-1的肌动蛋白交联效应结构域。基因表达和组织学研究显示，肠腔内存在先天免疫激活和免疫细胞浸润。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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