基本信息

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基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-21

资源简介

GSE19946 NCBI GEO 原始数据层

GSE19946 Raw Data Layer from NCBI GEO 是一个聚焦免疫系统疾病相关研究的原始数据层数据集，归类于免疫系统疾病／其他方向，经 synapse.org 平台提供访问。该数据集围绕霍乱弧菌（Vibrio cholerae）VI 型分泌系统（T6SS）在动物感染过程中的功能展开，核心实验采用 V52 菌株的衍生物感染幼鼠，以观察感染模型中的腹泻反应、效应蛋白易位以及宿主免疫应答。源站描述表明，这些宿主反应依赖于功能完整的 T6SS 以及 VgrG-1 的肌动蛋白交联效应结构域；基因表达与组织学研究进一步显示肠道腔内存在先天免疫激活与免疫细胞浸润。该数据集适合作为研究细菌分泌系统与宿主先天免疫相互作用的基础数据资源。

【数据集背景】

霍乱弧菌是引起腹泻性疾病的重要病原体，其致病机制与多种分泌系统密切相关。VI 型分泌系统（T6SS）是细菌向靶细胞或环境释放效应蛋白的重要装置，但其在动物感染过程中是否真正发挥功能，需要通过体内感染实验加以验证。该数据集所对应的研究正是针对这一问题设计：以 V52 菌株的衍生物感染幼鼠，建立可观察到腹泻反应的感染模型，并检测效应蛋白易位情况。研究进一步将宿主反应与 T6SS 的功能状态及 VgrG-1 的肌动蛋白交联效应结构域联系起来，从基因表达和组织学层面刻画感染引起的先天免疫激活与免疫细胞浸润。这些内容构成了该数据集的研究背景与生物学问题框架。

【数据内容】

该数据集为原始数据层（Raw Data Layer），来源于 NCBI GEO，并通过 synapse.org 提供。源站描述主要说明了研究所涉及的实验体系与观察结果，包括 V52 衍生物感染幼鼠、腹泻反应的出现、效应蛋白易位的检测，以及基因表达和组织学研究所示的先天免疫激活与免疫细胞浸润。关于原始数据层具体包含的样本数量、测序平台、文件格式、数据规模等细节，源站未提供。

【采集与来源】

数据采集基于幼鼠感染模型，使用霍乱弧菌 V52 菌株的衍生物进行感染，并在感染过程中观察腹泻反应与效应蛋白易位。宿主反应的功能依赖性通过 T6SS 功能状态与 VgrG-1 效应结构域进行分析，同时结合基因表达与组织学研究评估肠道免疫反应。数据集的来源站为 synapse.org，原始数据层来自 NCBI GEO。其余关于采集时间、地点、伦理审批及具体操作流程的信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于研究细菌 VI 型分泌系统在体内感染中的功能表现，分析效应蛋白易位与宿主腹泻反应之间的关系，探讨 VgrG-1 肌动蛋白交联效应结构域对宿主应答的贡献，以及考察感染后肠道先天免疫激活与免疫细胞浸润的基因表达和组织学特征。其免疫系统疾病分类也使其适合作为宿主—病原互作与肠道免疫应答研究的参考数据。具体分析场景需结合原始数据层内容确定，源站未提供更细化的适用说明。

【使用方法】

该数据集以原始数据层形式提供，使用时应先通过 synapse.org 获取数据文件，再依据原始数据层的特点进行预处理与质量控制，随后结合研究目的开展基因表达分析或组织学相关分析。由于源站未提供样本注释、平台信息与分析流程，使用前需自行确认数据组织方式与元数据完整性。涉及体内感染实验结果的解读，应结合实验设计背景进行。

【质量与限制】

该数据集的价值在于提供了 T6SS 体内功能验证相关的原始数据层，但其描述信息以研究结论概述为主，缺少样本量、平台、文件清单、质控指标等具体技术细节，源站未提供这些内容。使用者在缺乏完整元数据的情况下，需谨慎评估数据适用性，避免超出原始实验体系进行外推。该数据集的分类为免疫系统疾病／其他，具体疾病关联范围源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI GEO，并经 synapse.org 提供访问。关于引用方式、许可条款与使用限制，源站未提供，使用前应向数据提供方确认相关要求。

原始链接

https://synapse.org/Synapse:syn209115

访问原始数据

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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://synapse.org/Synapse:syn209115

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为确定霍乱弧菌VI型分泌系统（T6SS）在动物感染过程中是否具有功能，研究使用了V52的衍生菌株感染幼鼠。在此感染模型中，出现了腹泻反应，并可检测到效应分子的转位。这些宿主反应依赖于功能性的T6SS以及VgrG-1的肌动蛋白交联效应结构域。基因表达和组织学研究显示，肠腔内存在先天免疫激活和免疫细胞浸润。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别