欧洲第七次霍乱大流行微生物基因组学研究数据

该数据集来自 figshare,为欧洲第七次霍乱大流行微生物基因组学研究的配套数据,包含 9 个文件,涉及 1,324 株第七次大流行 Vibrio cholerae El Tor 分离株的全基因组分析数据,其中 172 株为 1970 至 2011 年间采集的非旅行相关欧洲分离株

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2020-09-28 更新
浏览 2
基因组分类phylogeny analysesVibrio choleraeCholera EpidemiologyWhole Genome SequencingDiseasesEpidemiologyGenomicsInfectious DiseasesMolecular EvolutionMicrobiology
Data from: The seventh pandemic of cholera in Europe revisited by microbial genomics

基本信息

模态
基因组
大小
1.604055391 GB
任务类型
分类
许可
CC BY 4.0
创建/更新时间
2020-09-28
版本
v3

资源简介

欧洲第七次霍乱大流行微生物基因组学研究数据

The seventh pandemic of cholera in Europe revisited by microbial genomics

该数据集来自 figshare,为欧洲第七次霍乱大流行微生物基因组学研究的配套数据,包含 9 个文件,涉及 1,324 株第七次大流行 Vibrio cholerae El Tor 分离株的全基因组分析数据,其中 172 株为 1970 至 2011 年间采集的非旅行相关欧洲分离株。数据文件包括系统发育树、ICE 序列、重组预测结果、比对文件及过滤后的多态性位点等,可用于研究该病原体在欧洲的地理与空间传播规律,支撑基因组流行病学与分子进化分析(来源 figshare,CC BY 4.0 许可)。

【数据集背景】

项目资助方:The Institut Pasteur。源站首次发布:2020-09-28。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):本研究报道了对1,324株第七次大流行Vibrio cholerae El Tor分离株的全基因组分析,其中包括1970年至2011年间采集的172株非旅行相关欧洲分离株,为我们深入了解该病原体在欧洲的地理和空间传播提供了前所未有的视角。

【数据结构与技术规格】

文件数 9 个,合计 1.60 GB。数据集 DOI:10.6084/m9.figshare.5422912.v3。

【主题与分类】

源站学科分类:Epidemiology not elsewhere classified、Genomics、Infectious diseases、Molecular evolution、Microbiology not elsewhere classified。主题标签:phylogeny analyses、Vibrio cholerae、Cholera Epidemiology、Whole Genome Sequencing、Diseases、Epidemiology、Genomics、Infectious Diseases、Molecular Evolution、Microbiology。本站分类:感染/旅行相关感染性疾病。

【适用方向】

源站学科分类标注为 Epidemiology not elsewhere classified、Genomics、Infectious diseases、Molecular evolution、Microbiology not elsewhere classified。

【获取与许可】

源站页面:https://figshare.com/articles/dataset/The_seventh_pandemic_of_cholera_in_Europe_revisited_by_microbial_genomics/5422912

使用许可:CC BY 4.0(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。

规范引用:Opre, mihaela; Njamkepo, Elisabeth; Christea, Daniela; Anna, Zhukova; G. Clark, Clifford; Kravetz, Anatoly N.; et al. (2020). The seventh pandemic of cholera in Europe revisited by microbial genomics. figshare. Dataset

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curl -L -o "RND_RAxbipart_WG1324VCE_DuplBoot200.pdf" "https://ndownloader.figshare.com/files/24607079"
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curl -L -o "WG1324VCE_Dupl.aln.tar.gz" "https://ndownloader.figshare.com/files/24607172"

文件清单

  • RND_RAxbipart_WG1324VCE_DuplBoot200.nwk(92.26 KB)
  • ICEVchBan11.fasta(97.84 KB)
  • ICEVchInd6.fasta(91.55 KB)
  • RND_RAxbipart_WG1324VCE_DuplBoot200.pdf(67.51 KB)
  • RegionstoremovefromCHR_Vc_N16961_04052016.tab(2.57 KB)
  • WG1324VCE_Dupl.filtered_polymorphic_sites.fasta(17.98 MB)
  • WG1324VCE_Dupl.recombination_predictions.gff(10.20 KB)
  • WG1324VCE_Dupl.aln.tar.gz(1.59 GB)
  • Correspondance_1324VCE.xlsx(72.38 KB)

文件总体积 1.60 GB(源站 API 实测)。

数据说明

本研究对1,324株第七次大流行埃尔托型霍乱弧菌分离株进行了全基因组分析,其中包括1970年至2011年间收集的172株非旅行相关的欧洲分离株,为我们提供了关于该病原体在欧洲地理和空间传播的前所未有的见解。

许可

CC BY 4.0

引用

学术使用请引用 DOI 10.6084/m9.figshare.5422912.v3(source: https://figshare.com/articles/dataset/The_seventh_pandemic_of_cholera_in_Europe_revisited_by_microbial_genomics/5422912)。

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