E-MTAB-8527:人肠道类肠团中星状病毒复制的RNA-seq分析揭示多细胞嗜性与复杂宿主先天免疫图景

该数据集来自 EBI Expression Atlas 的差异表达实验,物种为 Homo sapiens,聚焦星状病毒在人肠道类肠团中复制过程的 RNA-seq 分析

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基因组分类Differential
E-MTAB-8527: RNA-seq analysis of astrovirus replication in human intestinal enteroids reveals multi-cellular tropism and an intricate host innate immune landscape

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-21

资源简介

E-MTAB-8527:人肠道类肠团中星状病毒复制的RNA-seq分析揭示多细胞嗜性与复杂宿主先天免疫图景

E-MTAB-8527 是一项来自 EBI Expression Atlas 的差异表达实验数据集,物种为 Homo sapiens。该数据集围绕星状病毒在人肠道类肠团中的复制过程展开 RNA-seq 分析,相关研究揭示了星状病毒的多细胞嗜性以及复杂的宿主先天免疫图景。作为 Expression Atlas 收录的差异表达实验,其主题标签为 Differential,本站将其归类于免疫系统疾病 / 其他类别。该数据集为研究星状病毒感染宿主肠道细胞后的转录组变化提供了实验层面的数据基础,适合关注病毒复制、宿主免疫应答及肠道类器官感染模型的科研人员参考使用。

【数据集背景】

星状病毒是引起人类肠道感染的重要病原体之一,其在宿主肠道中的复制机制与宿主免疫应答之间的关系是病毒学和免疫学研究关注的问题。人肠道类肠团作为一种体外三维培养模型,能够在较大程度上模拟人肠道上皮的组织结构与细胞组成,为研究肠道病原体的感染过程提供了实验平台。E-MTAB-8527 正是基于这一模型开展的 RNA-seq 分析,旨在从转录组层面刻画星状病毒复制过程中宿主细胞的基因表达变化,并据此探讨病毒的多细胞嗜性与宿主先天免疫反应的复杂特征。该数据集属于 EBI Expression Atlas 中的差异表达实验,主题标签为 Differential,说明其核心设计在于比较不同实验条件下的基因表达差异。

【数据内容】

该数据集的内容为 RNA-seq 分析所产生的基因表达数据,实验物种为 Homo sapiens。从源站描述可知,该实验聚焦于星状病毒在人肠道类肠团中复制的过程,研究结论涉及病毒的多细胞嗜性以及宿主先天免疫图景的复杂性。作为差异表达实验,其数据组织方式服务于条件间表达差异的比较分析。关于具体样本数量、测序深度、基因数量、差异表达基因数目等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ebi.ac.uk,即 EBI Expression Atlas 实验记录,源站将其标注为 Expression Atlas experiment (Differential),物种为 Homo sapiens。实验对象为人肠道类肠团,研究内容为星状病毒复制过程的 RNA-seq 分析。关于样本采集的具体地点、时间、伦理审批信息以及测序平台型号等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与星状病毒感染及宿主免疫应答相关的研究场景,例如分析星状病毒在人肠道类肠团中复制时宿主基因表达的差异变化,探讨病毒多细胞嗜性所对应的转录组特征,以及研究宿主先天免疫相关基因在感染过程中的表达模式。对于从事肠道类器官感染模型、病毒—宿主相互作用以及免疫系统相关疾病研究的科研人员,该数据集可作为差异表达分析的参考数据来源。此外,作为 Expression Atlas 收录的实验,其也可用于与其他差异表达实验进行对照或整合分析的探索性工作。

【使用方法】

该数据集可通过 EBI Expression Atlas 平台访问,用户可依据实验标识 E-MTAB-8527 检索对应的实验记录。作为差异表达实验,使用者通常关注条件间比较所得的基因表达差异结果,并可结合自身研究问题对相关基因或通路进行进一步分析。关于数据下载格式、分析流程、标准化方法及配套工具的具体说明,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 EBI Expression Atlas,属于经过整理的差异表达实验记录,其物种与实验主题信息明确。需要说明的是,该实验基于人肠道类肠团这一体外模型,其结果与体内感染过程之间可能存在差异,使用者在解读时应结合模型特点加以考虑。关于数据质量评估指标、批次效应处理情况、重复样本数量及统计效力等信息,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集对应的研究标题为“RNA-seq analysis of astrovirus replication in human intestinal enteroids reveals multi-cellular tropism and an intricate host innate immune landscape”,使用者在使用时应引用该研究及 EBI Expression Atlas 中的实验记录 E-MTAB-8527。关于具体的引用格式、数据许可条款及使用限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-MTAB-8527

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Expression Atlas experiment (Differential). Species: Homo sapiens. RNA-seq analysis of astrovirus replication in human intestinal enteroids reveals multi-cellular tropism and an intricate host innate immune landscape

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