E-MTAB-6865:人PBMC来源或CD3/CD28刺激或移植小鼠脾脏T细胞的RNA-Seq

数据为RNA-Seq,样本包括从人PBMC分选的T细胞、经CD3/CD28磁珠刺激4天的T细胞,以及移植人PBMC后7天取自NSG或NSG-HLA-A2/HHD小鼠脾脏的T细胞

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基因组分类Differential
E-MTAB-6865: RNA-Seq of T cells sorted from human PBMCs, or from T cells stimulated with CD3/CD28 beads for 4 days, or from the spleen of NSG or NSG-HLA-A2/HHD mice, 7 days after transplantation with human PBMCs

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-18

资源简介

E-MTAB-6865:人PBMC来源或CD3/CD28刺激或移植小鼠脾脏T细胞的RNA-Seq

E-MTAB-6865 是一项关于 T 细胞的 RNA-Seq 表达谱实验数据集,归属于免疫系统疾病/其他分类,来源于 ebi.ac.uk 的 Expression Atlas 实验(差异表达类型)。该数据集以 Homo sapiens 为物种,围绕人 T 细胞在体外刺激与异种移植两种情境下的转录组展开:样本既包括从人 PBMC 中分选得到的 T 细胞,也包括经 CD3/CD28 磁珠刺激 4 天的 T 细胞,还包括将人 PBMC 移植入 NSG 或 NSG-HLA-A2/HHD 小鼠后第 7 天从小鼠脾脏中获取的 T 细胞。整体上,该数据集为比较不同来源与处理条件下人 T 细胞的基因表达差异提供了 RNA-Seq 层面的实验材料。

【数据集背景】

该数据集属于 Expression Atlas 中的差异表达实验,主题标签为 Differential,说明其设计目的指向不同实验条件之间基因表达差异的检测与呈现。研究关注的对象是人 T 细胞,涉及体外激活状态与体内异种移植环境两类背景。源站描述明确物种为 Homo sapiens,表明所测转录组来自人的细胞,即便部分样本取材于小鼠脾脏,其分析对象仍是移植后存在于小鼠体内的人 T 细胞。该数据集归入免疫系统疾病/其他类别,提示其与免疫系统相关研究场景存在关联。

【数据内容】

数据内容为 RNA-Seq 表达数据,覆盖三类样本来源:一是从人 PBMC 中分选获得的 T 细胞;二是经 CD3/CD28 磁珠刺激 4 天的 T 细胞;三是移植人 PBMC 后 7 天取自 NSG 或 NSG-HLA-A2/HHD 小鼠脾脏的 T 细胞。上述样本共同构成差异表达分析的材料基础。源站未提供关于样本数量、测序深度、读长、表达定量指标或差异基因数目等具体数值信息。

【采集与来源】

数据来源站为 ebi.ac.uk,属于 Expression Atlas 实验记录。样本采集涉及人 PBMC 来源的 T 细胞分选、CD3/CD28 磁珠刺激培养 4 天,以及 NSG 与 NSG-HLA-A2/HHD 两类小鼠在移植人 PBMC 后第 7 天取脾脏获取 T 细胞。源站未提供更详细的采集流程、伦理审批信息或具体实验地点。

【适用场景】

该数据集适用于研究人 T 细胞在不同激活与体内环境条件下的转录组差异,例如比较分选 T 细胞与 CD3/CD28 刺激后 T 细胞的表达变化,或考察移植入 NSG 与 NSG-HLA-A2/HHD 小鼠后脾脏中人 T 细胞的表达特征。其差异表达主题也适合用于免疫学相关的基础研究场景。源站未提供具体的下游应用案例或验证结论。

【使用方法】

该数据集以 Expression Atlas 实验形式提供,可按差异表达实验的常规方式用于表达谱查看与比较分析。源站未提供具体的下载格式、分析流程、软件参数或代码示例。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量评估、批次效应、重复数或技术偏差的具体说明。由于涉及异种移植模型与体外刺激两类差异较大的条件,使用时应关注条件间可比性,但源站未给出相关限制说明。

【引用与许可】

源站未提供引用方式与许可信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-MTAB-6865

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

表达图谱实验(差异分析)。物种:智人。RNA-Seq:从人PBMC中分选出的T细胞,或经CD3/CD28磁珠刺激4天的T细胞,或移植人PBMC后7天取自NSG或NSG-HLA-A2/HHD小鼠脾脏的T细胞。

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