E-MTAB-5322:人调节性T细胞与效应T细胞在37C标准温度及33C轻度低温培养下的RNA-Seq

数据内容是对人调节性 T 细胞与效应 T 细胞分别在 37C 标准温度和 33C 轻度低温条件下培养后进行 RNA-Seq 所获得的表达谱

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基因组分类Differential
E-MTAB-5322: RNA-Seq of human regulatory T cells and effector T cells cultured at standard 37C temperature and in mild hypothermia (33C).

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-12

资源简介

E-MTAB-5322:人调节性T细胞与效应T细胞在37C标准温度及33C轻度低温培养下的RNA-Seq

E-MTAB-5322 是一个关于人调节性 T 细胞与效应 T 细胞在不同培养温度下基因表达特征的数据集。该数据集通过 RNA-Seq 技术,对分别在 37°C 标准温度和 33°C 轻度低温条件下培养的人调节性 T 细胞与效应 T 细胞进行转录组测序,旨在获取这两类 T 细胞在两种温度条件下的表达谱。从分类上看,该数据集归属于免疫系统疾病及其他相关领域,来源站点为 ebi.ac.uk,属于 Expression Atlas 中的差异表达实验,物种为 Homo sapiens,主题标签为 Differential。整体而言,该数据集为研究温度对免疫细胞功能与基因表达的影响提供了转录组层面的数据资源。

【数据集背景】

该数据集来源于 EBI(欧洲生物信息学研究所)的 Expression Atlas 实验集合,属于差异表达实验。其英文全称为 E-MTAB-5322: RNA-Seq of human regulatory T cells and effector T cells cultured at standard 37C temperature and in mild hypothermia (33C)。从分类归属来看,该数据集被划入免疫系统疾病 / 其他类别,主题标签为 Differential,表明其核心设计在于比较不同条件下的基因表达差异。调节性 T 细胞与效应 T 细胞是免疫系统中功能相互制衡的两类重要细胞群体,前者在免疫耐受与免疫调节中发挥关键作用,后者则参与效应免疫应答。温度作为细胞培养环境中的重要变量,可能影响细胞的转录状态与功能表现。该数据集正是在这一背景下,通过设定标准温度与轻度低温两种培养条件,对上述两类 T 细胞进行 RNA-Seq 测序,以捕捉温度相关的表达变化。

【数据内容】

数据内容是对人调节性 T 细胞与效应 T 细胞分别在 37°C 标准温度和 33°C 轻度低温条件下培养后进行 RNA-Seq 所获得的表达谱。具体而言,涉及两类细胞(调节性 T 细胞和效应 T 细胞)与两种温度条件(37°C 和 33°C)的组合,从而构成差异表达分析的基础。RNA-Seq 技术能够全面检测转录组水平的基因表达情况,因此该数据集所包含的表达谱信息可用于比较不同细胞类型之间以及不同培养温度之间的表达差异。数据集的主题标签为 Differential,进一步说明其内容侧重于差异表达结果的呈现。关于样本数量、测序深度、具体基因数量等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站点为 ebi.ac.uk,属于 Expression Atlas 实验(Differential)。物种为 Homo sapiens。实验对象为人调节性 T 细胞与效应 T 细胞,培养条件包括标准 37°C 温度和轻度低温 33°C。测序方法为 RNA-Seq。关于具体的样本采集流程、供体信息、细胞分离与培养的详细方案、测序平台与试剂等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于免疫学与转录组学相关的研究场景。例如,可用于探究温度变化对调节性 T 细胞与效应 T 细胞基因表达的影响,分析两类细胞在标准温度与轻度低温下的差异表达基因,进而为理解温度对免疫细胞功能的调控提供线索。此外,该数据集也可作为差异表达分析的参考资源,用于免疫系统疾病相关研究中的表达谱比较。由于主题标签为 Differential,其设计适合用于两组或多组条件之间的表达差异比较。关于具体的疾病关联或临床应用场景,源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过来源站点 ebi.ac.uk 获取,属于 Expression Atlas 中的实验条目。用户可根据实验标识 E-MTAB-5322 进行检索与访问。在使用时,可结合差异表达分析流程,对调节性 T 细胞与效应 T 细胞在 37°C 和 33°C 条件下的表达谱进行比较。关于具体的数据下载格式、分析工具推荐、标准化处理方法等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 EBI 的 Expression Atlas,属于公开的转录组实验资源。其物种为人,实验类型为 RNA-Seq,设计上包含细胞类型与温度条件的差异比较。关于样本量、生物学重复、测序质量、数据完整性等具体质量指标,源站未提供。使用者在解释结果时需注意,该数据集仅涵盖调节性 T 细胞与效应 T 细胞在两种温度条件下的表达谱,未提供其他温度条件或其他细胞类型的信息。关于实验批次效应、供体差异等潜在限制,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站点为 ebi.ac.uk,属于 Expression Atlas 实验。关于具体的引用方式、许可协议、使用条款等信息,源站未提供。

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源站:https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-MTAB-5322

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  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Expression Atlas experiment (Differential). Species: Homo sapiens. RNA-Seq of human regulatory T cells and effector T cells cultured at standard 37C temperature and in mild hypothermia (33C).

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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