VKH患者PBMC的Bulk-seq结果及shAPOE转导HMC3细胞的蛋白质组学分析

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A18b28bd2dcb1620c1be14d9e7ef918a90be01100491ec5bac7cc2042901075f0

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

自身免疫性葡萄膜炎（AU）是一类具有不同病理病因的威胁视力的疾病。对AU患者的转录组分析显示，其外周血单个核细胞（PBMC）中存在高度氧化应激特征以及载脂蛋白E（APOE）表达上调。为进一步探究APOE在该疾病中的作用，我们对转染慢病毒介导的APOE敲低构建体的HMC3细胞进行了蛋白质组学分析，以探索APOE的潜在下游靶点。临床数据的整合增强了研究结果的总体可信度和准确性。，，# 数据来源：利用VKH患者外周血单个核细胞（PBMC）的bulk-seq结果以及shAPOE转导HMC3细胞的蛋白质组学分析，揭示APOE的潜在下游靶点 数据集DOI：10.5061/dryad.37pvmcvzx ## 数据及文件结构说明 数据及文件结构说明 以下内容包含本研究所使用的VKH患者血液bulk-seq测序原始数据及分析结果，以及HMC3细胞的蛋白质组质谱分析数据。具体如下：1.

“Proteomics.zip”包含来自HMC3蛋白质组分析的原始质谱文件。2. “Differentially_expressed_proteins.csv”提供了HMC3蛋白质组研究中差异表达蛋白质的分析结果。3. “VKH_bulk-seq.zip”包括来自VKH患者和年龄匹配的健康对照者的PBMC原始bulk-seq数据。4. “Differentially_expressed_genes_ratio.csv”包含分析结果…，所有从人类受试者收集的数据均已去标识化以保护参与者隐私。直接标识符，如姓名和病历号，已被移除。所有参与者均提供了书面知情同意，明确授权将去标识化数据公开发布于公共领域。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。