生物医学药物不良事件抽取数据集
BioDEX 提供药物不良事件信息抽取数据和代码，适合从文献文本中识别药物、反应和关系，可用于药物过敏、过敏性休克和药物安全 NLP 模型训练。
基本信息
资源简介
生物医学药物不良事件抽取数据集
【数据集背景】
本数据集源站标题为《KarelDO/BioDEX》。源站首次发布：2023-04-18。
【数据内容】
源站原始描述：BioDEX: Large-Scale Biomedical Adverse Drug Event Extraction for Real-World Pharmacovigilance. # BioDEX: Large-Scale Biomedical Adverse Drug Event Extraction for Real-World Pharmacovigilance. This is the official repository for the BioDEX paper. BioDEX is a raw resource for drug safety monitoring that bundles full-text and abstract-only PubMed papers with drug safety reports. These reports contain structured information about an Adverse Drug Events (ADEs) described in the papers, and are produce…
【主题与分类】
主题标签：biomedical-text-mining、drug-safety、nlp、pharmacovigilance、pubmed。
【适用方向】
文本类数据可用于医学自然语言处理，如命名实体识别、信息抽取与文本分类。
【获取与许可】
源站页面：https://github.com/KarelDO/BioDEX
使用许可：MIT。
【使用注意】
· 源站最后修改于 2024-01-29，引用时请注意版本时效。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
git clone https://github.com/KarelDO/BioDEX.git
curl -L -o repo.zip https://github.com/KarelDO/BioDEX/archive/refs/heads/main.zip
unzip repo.zip
源站 README 摘录（使用方式）
Installation
Create the conda environment and install the code:
conda create -n biodex python=3.9
conda activate biodex
pip install -r requirements.txt
pip install .
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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