ET、PV、PMF患者与对照者的表达数据

该数据集来自ebi.ac.uk,包含原发性血小板增多症(ET)、真性红细胞增多症(PV)、原发性骨髓纤维化(PMF)患者与对照受试者的基因表达微阵列数据

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基因组分类transcription profiling by arrayHomo sapiens
Expression data from patients with Essentiel Thrombocythemia (ET), Polycythemia Vera (PV), Primary Myelofibrosis (PMF) and control subjects

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-25

资源简介

ET、PV、PMF患者与对照者的表达数据

该数据集来自 ebi.ac.uk,收录了原发性血小板增多症(ET)、真性红细胞增多症(PV)、原发性骨髓纤维化(PMF)患者与对照受试者的基因表达微阵列数据。研究采用微阵列技术,对上述患者与对照受试者进行比较性的基因表达评估。样本来自全血,经总 RNA 纯化、扩增为生物素标记的 aRNA 后,杂交至微阵列芯片。数据集属于血液与淋巴系统疾病 / 骨髓增殖性疾病分类,主题标签为 transcription profiling by array 与 Homo sapiens,可用于了解 ET、PV、PMF 三类骨髓增殖性肿瘤与对照之间在转录水平上的表达差异。

【数据集背景】

原发性血小板增多症(ET)、真性红细胞增多症(PV)和原发性骨髓纤维化(PMF)均属于骨髓增殖性疾病,涉及血液与淋巴系统。该数据集围绕这三类患者与对照受试者展开,目的是通过微阵列技术评估其基因表达情况。源站描述指出,研究使用微阵列对 ET、PV、PMF 患者与对照受试者进行比较,以获取基因表达层面的数据。数据集的主题标签为 transcription profiling by array,物种为 Homo sapiens,表明其属于人类转录组表达谱数据。

【数据内容】

数据集的核心内容是 ET、PV、PMF 患者与对照受试者的基因表达微阵列数据。样本材料为全血,从中纯化总 RNA,再扩增为生物素标记的 aRNA,并杂交到微阵列芯片上。数据以转录 profiling by array 的形式组织,主题标签包括 transcription profiling by array 和 Homo sapiens。数据集英文名称明确涵盖 ET、PV、PMF 患者与对照受试者,说明数据覆盖这三类疾病组与对照组。关于芯片平台型号、样本数量、基因数量、分组规模等具体细节,源站未提供。

【采集与来源】

数据来源于 ebi.ac.uk。源站描述说明了实验流程:从全血中纯化总 RNA,将 RNA 扩增为生物素标记的 aRNA,然后杂交至微阵列芯片,用于评估 ET、PV、PMF 患者与对照受试者的基因表达。该数据集在站内分类中归入血液与淋巴系统疾病 / 骨髓增殖性疾病。除上述来源与实验流程信息外,关于采集地点、采集时间、伦理审批、受试者纳入排除标准等信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与骨髓增殖性疾病相关的基因表达研究场景,例如比较 ET、PV、PMF 患者与对照受试者之间的转录表达差异,或围绕全血样本的微阵列表达谱开展探索性分析。其主题标签表明数据属于转录 profiling by array,物种为人类,因此可用于人类血液样本表达谱相关的方法学参考或分析流程验证。关于具体的疾病机制研究、生物标志物发现或临床诊断应用,源站未提供明确说明,使用时应结合数据自身特点谨慎界定分析目标。

【使用方法】

使用该数据集时,可依据其微阵列表达谱性质,围绕 ET、PV、PMF 与对照组的比较开展分析。由于样本来自全血、经总 RNA 纯化并扩增为生物素标记 aRNA 后杂交至芯片,分析中应考虑全血样本与扩增流程对表达谱的潜在影响。关于数据下载方式、文件格式、预处理步骤、归一化方法、统计分析方法及配套分析工具,源站未提供,需参考数据来源页面的实际说明。

【质量与限制】

该数据集基于微阵列芯片与全血样本,实验流程包括总 RNA 纯化、aRNA 扩增与芯片杂交。关于样本量、重复数、芯片平台、数据质控指标、缺失值情况、批次效应及验证实验等信息,源站未提供。因此,在解释表达差异时,应注意到数据集描述中未给出可用于评估统计效力与可重复性的具体参数。该数据集聚焦于 ET、PV、PMF 与对照受试者的基因表达比较,不涵盖其他疾病类型或非血液样本,使用范围应与此一致。

【引用与许可】

该数据集来源于 ebi.ac.uk,源站描述中未提供具体的引用文献、作者列表、发表期刊或数据许可条款。关于引用格式与使用许可,源站未提供,使用前应查阅数据来源页面的相关说明。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/biostudies/arrayexpress/studies/E-GEOD-26049

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Vibe Skov; Hans-Carl Hasselbalch (2012). Expression data from patients with Essentiel Thrombocythemia (ET), Polycythemia Vera (PV), Primary Myelofibrosis (PMF) and control subjects [Dataset]. https://www.ebi.ac.uk/biostudies/arrayexpress/studies/E-GEOD-26049

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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