细胞分化过程中染色质环动态与锚点及内部调控特征变化相关[数据集3]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE213908

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目前认为，三维染色质结构在细胞转变过程中对基因转录调控起关键作用。尽管我们对环形成与维持机制的理解正在迅速深入，但对于驱动环化变化的机制以及差异环化对基因转录的影响仍知之甚少。一个限制因素是缺乏具有足够统计效能的差异环化数据集。为解决这一问题，我们对巨核细胞发育过程进行了深度测序的Hi-C时间序列研究，包含4个生物学重复，每个时间点60亿条reads。统计分析揭示了1,503个差异环。获得的环富集AP-1占据，并与其锚点处基因表达升高相关。丢失的环则以环边界内基因表达增加为特征。线性建模显示，环锚点之间组蛋白H3K27乙酰化、染色质可及性及JUN结合的变化，对环强度变化的预测能力往往与环锚点处CTCF和/或黏连蛋白占据的变化相当。

最后，我们构建了线性模型，并发现整合增强子乙酰化动态与环强度能提高基因表达预测的准确性。总之，我们这项统计效能充足的研究增进了对调控环形成机制的理解，以及对环与基因表达之间关系的认识。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。